r_symposium_2020 [CSBQ-QCBS Wiki]

Le 3e Colloque R du CSBQ a eu lieu le 10, 11 et 12 octobre 2019 à la Reserve Naturelle Gault

The 3rd QCBS R symposium was held from October 10th to 12th 2019 at the Gault Nature Reserve

Description

Pour la 3ème année consécutive, l'équipe d'ateliers R du CSBQ a organisé l'edition 2019 du Colloque R du CSBQ.

L'objectif du Colloque R du CSBQ est de fournir un cadre structuré pour la discussion et l'échange d'idées entre des participants et des présentateurs d'ateliers concernant l'utilisation de R dans les analyses de la biodiversité. Pour cela, nous fournissons un lieu d’enseignement et de participation à une série d’ateliers R avancés qui ne sont pas couverts par la série annuelle d’ateliers R du CSBQ.

For the 3rd consecutive year, the QCBS R Workshop cohort held the 2019 edition of the QCBS R Symposium.

The purpose of the QCBS R Symposium is to provide a structured framework for the discussion and exchange of ideas between participants and presenter in the application of biodiversity science analyses using R. For this, we provide a venue for teaching and participation in a series of advanced R workshops that are not offered during the annual QCBS R Workshop Series.

Lieu et Date | Venue and Time

Le 3e Colloque R du CSBQ a eu lieu le 10, 11 et 12 octobre 2019 à la Reserve Naturelle Gault, à la municipalité de Mont-Saint-Hilaire, Monterégie, Québec.

The 3rd QCBS R Symposium was held from October 10th to 12th 2019 at the Gault Nature Reserve, in the municipality of Mont-Saint-Hilaire, Monterégie, Québec.

Coût | Cost

Les frais d'inscription au 3ème Colloque R du CSBQ a été de:

25 $ pour les membres du CSBQ, et;
150 $ pour les non-membres du CSBQ.

Ces frais couvrent les coûts d’hébergement, de restauration et de transport (à partir de Montréal) pour les participants.

The attendance fee for the 3rd QCBS R Symposium was:

25 $ for QCBS members, and;
150 $ for QCBS non-members.

This fee covers accommodation, food, and transportation from Montréal.

Inscription | Registration

Les inscriptions pour le 3ème Colloque R du CSBQ sont FERMÉS.

Registration for the 3rd QCBS R Symposium are CLOSED.

Programmation | Preliminary

10 octobre

18:45 - Départ de Montréal
19:45 - Arrivée à Maison Gault
20:00 - Activité pour briser la glace

Notez qu'un souper traiteur n'est pas prévu pour le jeudi soir. Nous allons avoir quelques crudités et des croustilles dans un cadre détendu. Si vous désirez avoir d'autres choses à manger et des boissons alcoolisées, veuillez les emporter avec vous.

11 octobre

8:00 - Déjeuner
8:45 - Annonces
9:00 - Basics of effective and reproducible data visualization (1h30min)
10:45 - Pause
11:00 - Community Phylogenetics - Part #1 (1h)
12:15 - Dîner
13:30 - Community Phylogenetics - Part #2 (1h)
14:45 - Pause
15:00 - Mining species-level biodiversity information from published literature (2h)
17:15 - Pause
17:30 - Peer-discussion and code debugging moment
18:30 - Souper

12 octobre

8:00 - Déjeuner
9:00 - Touchdown your research! (2h)
11:00 - Temps libre
12:45 - Dîner
14:00 - Retour à Montréal

October 10th

18:45 - Depart from Montréal
19:45 - Arrival at Maison Gault
20:00 - Icebreaker & Social Event

Note that a catered dinner is not predicted for Thursday evening. We will provide a few crudites and chips in a relaxed environment. If you wish to have other food and to drink alcoholic beverages, please bring them with you.

October 11th

8:00 - Breakfast
8:45 - Announcements
9:00 - Basics of effective and reproducible data visualization (1h30min)
10:45 - Break
11:00 - Community Phylogenetics - Part #1 (1h)
12:15 - Lunch
13:30 - Community Phylogenetics - Part #2 (1h)
14:45 - Break
15:00 - Mining species-level biodiversity information from published literature (2h)
17:15 - Break
17:30 - Peer-discussion and code debugging moment
18:30 - Dinner

October 12th

8:00 - Breakfast
9:00 - Touchdown your research! (2h)
11:00 - Free time
12:45 - Lunch
14:00 - Return to Montréal

R Environment Preparation for the workshop

Please, follow the guidelines below before coming to the symposium, to avoid delays due to high internet traffic demand:

Update your R and RStudio to the latest versions;
Run the script below in your R console to install and update the libraries required for the workshops;
Finally, execute the following:

| R Environment Preparation

#-------------------------------------------------------------------------------#
###        Install all packages for 2019 QCBS R Symposium workshops          ####
#-------------------------------------------------------------------------------#
#### Workshop 1: Basics of effective and reproducible data visualization ####
# setwd("")
#
# Download: https://rstudio.com/wp-content/uploads/2015/03/ggplot2-cheatsheet.pdf
 
#####Install packages and libraries #####
# install packages that are not already installed
if (!require(datasets)) install.packages('datasets')
if (!require(ggplot2)) install.packages('ggplot2')
if (!require(plyr)) install.packages('plyr')
if (!require(ggpubr)) install.packages('ggpubr')
 
# potential errors for non windows users with these (non-essential)
if (!require(rvg)) install.packages('rvg')
if (!require(svglite)) install.packages('svglite')
if (!require(officer)) install.packages('officer')
if (!require(extrafont)) install.packages('extrafont')
 
library(ggplot2)
library(datasets)
library(plyr)
library(ggpubr)
 
# Installation for Windows only, not essential
library(rvg) 
library(svglite)
library(officer)
library(extrafont)
 
 
#### Workshop 2: Community Phylogenetics in R ####
 
# Check for needed packages, and install the missing ones
required.libraries <- c("ape", "picante", 
                        "pez", "phytools",
                        "vegan", "adephylo", 
                        "phylobase", "geiger", 
                        "mvMORPH", "OUwie", 
                        "hisse", "BAMMtools",
                        "phylosignal", "Biostrings",
                        "devtools","ggplot2", 
                        "kableExtra", "betapart", "gridExtra",
                        "reshape2")
 
needed.libraries <- required.libraries[!(required.libraries %in% installed.packages()[,"Package"])]
if(length(needed.libraries)) install.packages(needed.libraries)
 
# Load all required libraries at once
lapply(required.libraries, require, character.only = TRUE)
 
# Download files from Marc Cadotte's and Jonathan Davies' book 
# "Phylogenies in Ecology: A guide to concepts and methods":
 
dir.create("data/Jasper")
download.file("https://raw.githubusercontent.com/pedrohbraga/CommunityPhylogenetics-Workshop/master/data/Jasper/jasper_data.csv?token=ACBTNPKQWOFPQW7UT6Z7RCS5UDUMK", 
              "data/Jasper/jasper_data.csv")
download.file("https://raw.githubusercontent.com/pedrohbraga/CommunityPhylogenetics-Workshop/master/data/Jasper/jasper_tree.phy?token=ACBTNPNS2F5ZYYXLCMGMVCS5UDURO", 
              "data/Jasper/jasper_tree.phy")
 
Workshop HTML Markdown Page: https://pedrohbraga.github.io/CommunityPhylogenetics-Workshop/CommunityPhylogenetics-Workshop.html
 
#### Workshop 3: Mining species-level biodiversity information from published literature ####
 
Presentation: https://docs.google.com/presentation/d/1vUt8GdHCS9j3d_VEn-ftYsdayRgkzFIYKMSEGutoEVQ/edit
Examples: https://drive.google.com/open?id=1CNIIWZFXsTLdaL5f82hZX7R_4T-n1Prc
Exercise 1: https://drive.google.com/file/d/1Sp_4oaXPpZvAsC1ymA_aKJxPoWF6KuFX/view?usp=sharing
Exercise 2: https://drive.google.com/file/d/1o32RbKgGjaP6MFtc4UZnilt7-F0uMElL/view?usp=sharing
 
#### Workshop 4: Touchdown your research! ####
 
Presentation: https://insileco.github.io/ResearchDown/#1
Requirements: https://github.com/inSileco/ResearchDown#requirements
 
#-------------------------------------------------------------------------------#

Le 3ème Colloque R du CSBQ a reuni des étudiants à la maîtrise et au doctorat et des stagiaires postdoctoraux associés au CSBQ qui présenteront des concepts et l’application de méthodes pertinents pour les scientifiques travaillant dans plusieurs domaines liés à la recherche sur la biodiversité.

The 3rd QCBS R Symposium had QCBS-associated graduate students and postdoctoral fellows presenting over the concepts and the application of methods addressing relevant questions and content for scientists working in biodiversity research.

Basics of effective and reproducible data visualization

par | by Tania Maxwell (Université Laval | ) (Workshop Material | Presentation)

En tant que scientifiques, nous sommes des écrivains et des artistes. Les images et les figures sont des outils excellents et indispensables permettant de partager des informations et communiquer nos résultats. Selon le public (revues, médias, présentations dans des colloques, affiches, etc.), il existe des façons différentes d'illustrer au mieux ce que vous voulez raconter dans votre histoire. L’objectif de cet atelier est de fournir des règles de base pour la conception graphique, ainsi que des étapes pour la visualisation de données, le traitement d'images et leur exportation. Il y aura également des étapes détaillées sur la façon de construire et de personnaliser vos figures à l’aide du package R ggplot2. La dernière partie de l'atelier sera interactive et invitera les participants à partager leurs propres trucs et astuces.

As scientists, we are writers and artists. Images and figures are excellent and indispensable to share information and communicate our results. Depending on the audience (journals, social media, conference presentations, posters, etc.), there are different ways to best illustrate what you want to tell in your story. This workshop is intended to provide basic rules for graphic design, along with steps for how to visualize data, process images and export them. There will also be detailed steps for how to build and personalize your figures using the R package ggplot2. The last part of the workshop will be interactive, inviting participants to share their own tips and tricks.

Touchdown your research!

par | by Steve Vissault (Université de Sherbrooke | | ) & Marie-Hélène Brice (Université de Montréal | | )

(Workshop Material | Presentation)

Le processus de publication avec révision par les pairs est conçu par et pour les scientifiques. C'est également un canal de communication lent et fermé qui limite notre capacité à atteindre efficacement une large audience en dehors du monde universitaire. Rmarkdown peut nous aider à résoudre ce problème. Rmarkdown est l'association de R et d'un langage à balisage léger appelé *markdown*. Au cours de cet atelier, nous allons apprendre à utiliser ce langage et à générer des documents HTML pouvant être convertis en blogs, cahiers, affiches et documentations. Nous apprendrons ensuite comment déployer ces documents HTML sur Github (gratuitement!) afin d'exposer des idées, de nouvelles méthodes ou des compétences personnelles et ainsi d'étendre votre Curriculum vitae au web.

Publication per peer-review process is made by and for scientists. It is also a slow and closed communication channel, limiting our ability to efficiently reach a broader audience within and outside academia. Here comes Rmarkdown! Rmarkdown is the association of R and a light markup language called *markdown*. Through this workshop, we will learn how to use Rmarkdown and to generate HTML documents that can be turned into blogs, notebooks, posters, documentations. We will then learn how to deploy those HTML documents on Github (free of charge!) in order to expose insightful ideas, new methods or personal skills and transform the web into your own extra Curriculum vitae.

Mining species-level biodiversity information from published literature

par | by Gabriel Muñoz (Concordia University | | )

(Workshop Material | Presentation)

À cause de plusieurs siècles de recherche, de nombreuses informations sur la vie sur notre planète sont enregistrées dans la littérature publiée sur le Web. La plupart de cette littérature est maintenant accessible et se présente sous forme d'articles, de thèses ou de rapports, stockés et partagés sous forme de fichiers PDF. Cependant, numériser individuellement et manuellement tout ce contenu pour séparer et extraire des données sur la biodiversité peut être une tâche ardue. Avec cet atelier, vous allez apprendre des outils informatiques et des moyens plus automatisés pour rechercher de l’information sur la biodiversité parmi la littérature publiée. Nous commencerons par examiner brièvement les différentes sources de documentation sur la biodiversité. Deuxièmement, nous explorerons les techniques programmatiques pour la recherche documentaire et la sélection de mots-clés. Troisièmement, nous allons apprendre à utiliser des outils spécifiques pour extraire des observations de la biodiversité à partir d’une collection d’articles en PDF. Enfin, nous allons réviser brièvement les agrégateurs globaux de données sur la biodiversité.

Product of centuries of research, a vast amount of information about life on our planet is stored in the published literature on the web. Most of this literature is now accessible and comes as articles, theses, or reports, which are stored and shared as PDF files. However, manually scanning all this corpus to separate and extract species-level biodiversity data from individual works can be a daunting task. With this workshop, you will learn computational tools and more automated ways to search for biodiversity information of interest among the large corpus of literature. First, we will briefly review common and less-common sources of literature on biodiversity. Second, we will explore techniques of programmatic literature search and selection of keywords. Third, we will learn the use of specific tools to mine particular biodiversity observations from a collection of pdf articles. Finally, we will briefly review common global biodiversity data aggregators.

Community Phylogenetics: linking community ecology and evolutionary biology to your programming skills

par | by Pedro Henrique P. Braga (Concordia University | | ) & Katherine Hébert (Université de Sherbrooke | | )

(Workshop Material)

Comment les espèces s'assemblent-elles dans les communautés ? Quels sont les mécanismes impliqués ? Ces questions ont fasciné des écologistes pendant des décennies! L'assemblage d'organismes dans les communautés écologiques dépendent de phénomènes historiques et écologiques. Il est donc nécessaire de relier et de tester des hypothèses évolutives et écologiques pour répondre à ces questions. En combinant les informations phylogénétiques avec la coexistence géographique des espèces, le champ de « phylogénie des communautés » est apparu afin de révéler les patrons et les processus menant à l’organisation et à la structure des communautés écologiques. Dans cet atelier, nous allons plonger dans les débats et les controverses entourant la structure des communautés et apprendre certaines des méthodes utilisées par la phylogénétique de la communauté pour détecter les patrons évolutives lors de l'assemblage des communautés des espèces.

How do species assemble in communities? What are the involved mechanisms? These questions have fascinated ecologists for decades. As the community assembly of organisms depends on historical and ecological phenomena, it is necessary to link evolutionary and ecological hypotheses testing to address these questions. By combining phylogenetic information and species geographical co-existence, ‘community phylogenetics’ emerged as field seeking to reveal patterns and processes driving the organization and structure of ecological communities. In this workshop, we will dive into the debates and controversies surrounding the community structure and learn some of the various approaches used by community phylogenetics to detect evolutionary patterns on community assembly.

La 3ème édition du Colloque R du CSBQ invite tous les étudiants gradués associés et les postdoctorants associés au CSBQ à soumettre des propositions d’ateliers qui auront lieu les 10, 11 et 12 octobre 2019, à la Réserve Naturelle Gault de l’Université McGill, au Mont-Saint-Hilaire (Québec).

The 3rd QCBS R Symposium invites all QCBS-associated graduate students and post-doctorate fellows to submit proposals for workshops to be held between October 10th and 12th, 2019, at the Gault Nature Reserve (McGill University), in Mont-Saint-Hilaire (Québec).

Les ateliers devraient couvrir des concepts et des méthodes d’application concernant des questions et du contenu pertinent pour des étudiants gradués et des chercheurs postdoctoraux s’intéressant à la science de la biodiversité.

Workshops are expected to cover the concepts and the application of methods addressing relevant questions and content for graduate and post-doctoral scientists working in biodiversity research.

Date limite | Deadline

Vous devez soumettre votre proposition avant le 1er septembre 2019 afin d’entamer le processus de révision et d’être considéré pour présenter lors du colloque.

You must submit your proposal to enter the review process and be considered for presentation at the symposium by September 1st, 2019.

Vous serez informés de la décision sur votre proposition d’atelier par courrier électronique pendant la première semaine de septembre 2019.

You will be notified on a decision about your workshop proposal by e-mail by the first week of September, 2019.

Towards a collaborative, gender-balanced and inclusive environment | Vers une ambiance collaborative, balancée et inclusive

Il est important de noter que nous encourageons la participation de différents niveaux de carrières, institutions et emplacements géographiques.

Nous porterons également attention à l’équilibre entre les genres des présentateurs et des participants, ainsi qu’à la représentation des groupes sous-représentés au sein des activités reliées aux Ateliers en R du CSBQ.

It is worthy noting that we encourage the involvement of scientists at different career levels, from different institutions and geographical locations.

We also note that we are mindful of the gender balance of presenters and participants and of the participation of under-represented groups within the QCBS R Workshop related activities.

Soumettez une proposition d'atelier | Submit a workshop proposal

Afin de soumettre une proposition d'atelier, remplissez le formulaire suivant.

To submit a workshop proposal, fill the following form.

Questions?

Pour toute question au sujet du colloque, veuillez vous adresser à csbq.qcbs.r@gmail.com et il nous fera plaisir de vous répondre!

If you have any questions, please send a message to csbq.qcbs.r@gmail.com and we will respond back to you!

Organization team

Pedro Henrique Pereira Braga & Marie-Hélène Brice.

Colloques R précédents | Previous R Symposia

Le matériel des ateliers du 1er et 2e symposium R est maintenant disponible ici, pour celui de 2017 et ici, pour celui de 2018!

Material from the first and second QCBS R Symposium is now posted here, for 2017, and here, for 2018!

3e Colloque R du CSBQ | 3rd QCBS R Symposium