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osgisfr2 [2012/02/20 21:51] glaroc |
osgisfr2 [2012/02/22 16:47] (current) glaroc |
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| Étape 12: Cliquez sur 'Afficher la région courante GRASS' et sur 'Éditer la région courante GRASS. Vous devez définir les propriétés de la région courante GRASS pour obtenir une résolution de 2km x 2km exactement. | Étape 12: Cliquez sur 'Afficher la région courante GRASS' et sur 'Éditer la région courante GRASS. Vous devez définir les propriétés de la région courante GRASS pour obtenir une résolution de 2km x 2km exactement. | ||
| - | Étape 13: Trouvez le module r.surf.idw dans la Boite à outils GRASS, choississez un nom pour le fichier de sortie et interpolez une carte pour les données de 1980-1995 et une autre pour 1995-2005. | + | Étape 13: Trouvez le module v.surf.idw dans la Boite à outils GRASS, choississez un nom pour le fichier de sortie et interpolez une carte pour les données de 1980-1995 et une autre pour 1995-2005. |
| - | Étape 14: Dans les propriétés de chacune des couches, développez une palette de couleur appropriée et attribuez la même palette pour les rasters des deux périodes. | + | Étape 14: Note: dans la version actuelle de QGIS, il est impossible de modifier de façon appropriée la palette de couleur des fichiers GRASS rasters. Pour cette raison, nous allons exporter les cartes de distribution de la dernière étape en format tiff avec le module r.out.gdal.tiff dans les outils GRASS en spécifiant bien le répertoire de sauvegarde, le nom du fichier avec l'extension .tif et le format FLOAT32 (chiffres avec décimales). Ajoutez ensuite ces nouveaux fichiers .tif au canevas. |
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| + | Étape 14: Dans les propriétés de chacune des couches, développez une palette de couleur appropriée (Onglet Style>Palette de couleur>Palette de couleur; ensuite cliquez sur l'onglet>Palette de couleur). Choisissez une interpolation des couleurs Linéaire, définissez trois valeurs numériques associées avec des couleurs pertinentes et attribuez la même palette pour les rasters des deux périodes. Observez-vous une différence dans la distribution des parulines couronnées? | ||
| DÉFI: Générez un nuage de points (en Excel ou R) montrant la relation entre la température moyenne annuelle (à partir de la couche Quebec_mat_tenths.txt en degrés Celcius x 10) et l'abondance des parulines couronnées aux sites de Relèves des oiseaux nicheurs (BBS). Vous aurez besoin de l'extension 'point sampling tool'. | DÉFI: Générez un nuage de points (en Excel ou R) montrant la relation entre la température moyenne annuelle (à partir de la couche Quebec_mat_tenths.txt en degrés Celcius x 10) et l'abondance des parulines couronnées aux sites de Relèves des oiseaux nicheurs (BBS). Vous aurez besoin de l'extension 'point sampling tool'. | ||
| - | ***EXERCICE 4** | + | ====== Fichiers pour exercices ====== |
| - | Step 1: If you haven't done so already, save the 'region_hydrique' in the UTM 18N (NAD83) CRS. Start a New project and set the CRS of the current canvas to UTM 18N (NAD83). Add the region_hydrique file (in UTM) and the 'Elevation_points.shp' file in QGIS (this file is already in UTM). | + | Téléchargez [[http://qcbs.ca/wp-content/uploads/2012/02/Fichiers_OSGIS_jour2.zip|ce fichier zip]] et assurez vous d'en extraire le contenu dans un répertoire facile d'accès. |
| - | Step 3: You now have to import the files into GRASS. Click on the 'Open GRASS tools icon', click on 'module tree', and find File management > import into GRASS > import vector into GRASS > v.in.ogr.qgis - Import loaded vector. Select the vector layer region hydrique (in UTM) and find name for the output vector map. Repeat these steps for the Elevation_points vector file. Load the newly created GRASS files into the canvas by clicking on the 'Add GRASS vector layer' icon. | + | ====== Exercice 4 ====== |
| - | Step 4: Click on the 'Display current GRASS region' icon and then on the 'Edit Current GRASS region' icon, and select a GRASS region that just encompasses all the elevation points. Set the Cell width and height to 30 m. | + | Objectif: Créer une carte NDVI (Normalized Difference Vegetation Index), l'associer avec une palette de couleurs et extraire le NDVI moyen dans les parcs et terrains de la région. |
| - | Step 5: Open GRASS tools and find the v.to.rast.constant module to convert the water bodies file to raster. Keep the raster value at 1. | + | Étape 1: DANS QGIS: Définissez un nouveau projet avec le CRS NAD83 UTM18. Cliquez sur l'icône GRASS>Ouvrir le jeu de données et sélectionnez le répertoire-géodatabase 31h05 obtenu en extrayant les fichiers ZIP. |
| - | Step 10: Use the Grid (interpolation) function under Raster > Analysis to create an interpolated raster map with the Ovenbird distribution for each time period. Use the default interpolation options and define the extent of the map so that it encompasses all the BBS routes. **Change the values for Extent and Size to have a raster that has 2 km pixels.** Use the same properties for each raster. | + | Étape 2: Ajoutez les fichiers GRASS comportant les bandes Landsat 3 et 4 au canevas. |
| - | Step 11: Clip each raster layer using the Clipper function and using the Province of Quebec shapefile as a mask layer. | + | Étape 3: Cliquez sur l'icône 'Ouvrir les outils GRASS' et trouvez la fonction r.mapcalculator. Sélectionnez la bande 3 pour la couche A et cliquez sur l'icône 'Utiliser l'emprise de cette carte' à côté du nom de la couche. Sélectionnez la bande 4 pour la couche B. Dans la case 'Formula', entrez |
| - | Step 11: In the layer properties choose Colormap as a Style (Style tab) and generate your own three-color colormap from the Colormap tab, by using the raster values as an indication of the values that should be assigned to each color. Make sure to use the Linear Color interpolation option. Specify the same colormap for the two maps. | + | <file> |
| + | 1.0*(B-A)/(B+A) | ||
| + | </file> | ||
| - | **CHALLENGE**: Generate a scatterplot (in Excel or R) showing the relationship between Mean Annual Temperature (from the Quebec_mat_tenths.txt layer in degrees C x 10) and ovenbird abundance, at the BBS routes locations from 1980-2010. Hint: you might need the 'point sampling tool' plugin. | + | le 1.0 précédant la formule assure que le résultat contiendra des chiffres réels avec décimales. |
| - | **Exercice 4** | + | Étape 4: Convertissez le fichier parcs_terrains_sports.shp en NAD83 UTM 18 en l'ouvrant dans QGIS et en le sauvant dans un nouveau fichier. Ajoutez ce dernier fichier dans GRASS et utilisez la fonction v.in.org.qgis pour le convertir en format GRASS. Si l'opération a été terminée avec succès, vous pouvez maintenant fermer QGIS. |
| - | Objective: Create a 3D visualization of an elevation map created with elevation values from ground control points, excluding water bodies. Learn how to import layers into R, perform basic manipulations in GRASS within QGIS and GRASS standalone. | + | Étape 5: Démarrez GRASS et sélectionnez le répertoire 31h05 comme géo-database. Ajoutez le fichier NDVI que vous avez créé à l'étape 3. Sélectionnez >Raster>Gérer les couleurs>Table des couleurs. Sous l'onglet 'Required', sélectionnez la couche NDVI et sous l'onget Colors>Type de la table de couleur. |
| - | Step 1: If you haven't done so already, save the 'region_hydrique' in the UTM 18N (NAD83) CRS. Start a New project and set the CRS of the current canvas to UTM 18N (NAD83). Add the region_hydrique file (in UTM) and the 'Elevation_points.shp' file in QGIS (this file is already in UTM). | + | Étape 6: Ajoutez la couche contenant les parcs et terrains en cliquant sur l'icône 'Ajouter une couche vectorielle'. |
| - | Step 2: Make sure that the GRASS plugin is activated and that the GRASS toolbar is selected under View > Toolbar. Click on the 'New Mapset' icon and define a new GRASS database folder, create new location (give it a name such as 'Workshop2', choose the UTM 18N (NAD83) CRS, set the region to the current QGIS extent, and choose a name for the mapset (e.g. 31h05). | + | Étape 7: Sélectionnez Vecteur>Mise à jour des attributs depuis la couche matricielle. Choisissez la couche des parcs pour 'Name of vector polygon map' et la couche NDVI pour 'Name of raster map'. Utilisez 'ndvi' pour Column prefix. |
| - | Step 3: You now have to import the files into GRASS. Click on the 'Open GRASS tools icon', click on 'module tree', and find File management > import into GRASS > import vector into GRASS > v.in.ogr.qgis - Import loaded vector. Select the vector layer region hydrique (in UTM) and find name for the output vector map. Repeat these steps for the Elevation_points vector file. Load the newly created GRASS files into the canvas by clicking on the 'Add GRASS vector layer' icon. | + | Étape 8: Cliquez sur le bouton de droite sur le nom de la couche>Show attribute table. En regardant la partie droite de la table, vous verrez que des colonnes ont été ajoutées avec les statistiques des cellules ndvi pour chaque terrain et parc. |
| - | Step 4: Click on the 'Display current GRASS region' icon and then on the 'Edit Current GRASS region' icon, and select a GRASS region that just encompasses all the elevation points. Set the Cell width and height to 30 m. | + | ====== Exercice 5 ====== |
| + | Objectif: Créer une visualisation 3D affichant une carte composite RVB superposée sur une couche d'élévation. | ||
| - | Step 5: Open GRASS tools and find the v.to.rast.constant module to convert the water bodies file to raster. Keep the raster value at 1. | + | Étape 1: Sélectionnez Matrice>Gérer les couleurs>Créer RVB. Vous allez maintenant créer une image RVB (RBG) composite en utilisant les associations de bandes suivantes: Rouge:4 Vert:3 Bleu:2. |
| - | Step 6: Close QGIS. We could decide to continue working within QGIS, but instead, we will move to GRASS outside of QGIS. | + | Étape 2: Dans >Fichiers>NVIZ créez une visualisation 3D avec le fichier 31h05_dem comme fichier d'élévation et l'image RVB créée à l'étape 8 (laissez les autres champs libres). Pour améliorer la résolution d'affichage dans NVIZ, cliquez sur Visualize>Raster Surface et spécifiez 1 comme résolution fine. |
| - | Step 7: Open GRASS and select the Database, Location and Mapset that you have created within QGIS. | + | ***DÉFI***: Créez une carte d'élévation interpolée à partie du fichier Elevation_points.shp et en utilisant la fonction v.surf.rst. Comparez cette carte avec le fichier 31h05_dem. |
| - | Step 8: Load the Raster map you have created in Step 5, and the elevation points you have imported in Step 3 with the 'Add raster map layer' and 'Add vector layer' icons. | + | ***DÉFI2***: Visualisez une des couches vectorielles superposée à une couche matricielles dans R. Utilisez le package spgrass6 dans R. |
| - | Step 9: Use the Raster > Mask module (r.mask) to create a mask layer for the next step. Select the 'Create inverse mask' and put 1 in 'Category Value to use for Mask'. Click the 'Run' button to run the module. | + | ====== Terminologie GRASS ====== |
| - | Step 10: Use the v.surf.rst module (Raster > interpolate surfaces) to create an interpolated elevation map using the Elevation_points layer. Specify a name for the output elevation map in the output tab and specify the ELEVATION column as the 'Name of the attribute column to be used for approximation'. | + | * DATABASE (Géodatabase): Répertoire principal de GRASS. |
| + | * LOCATION (Secteur): Répertoire de travail. SCR unique. | ||
| + | * MAPSET (Jeu de données): Sous-répertoires sous le secteur. | ||
| + | * REGION (Région): Définie par une étendue et une résolution spécifiques. | ||
| - | Step 11: Generate a slope map from this new elevation layer using the r.slope.aspect module (Raster > Terrain Analysis). Specify an output name for the slope layer. | + | ^ préfixe ^ Déscription ^ Exemple ^ |
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| - | Step 12: View the resulting map in three dimensions in the NVIZ module (File > NVIZ). | + | |
| - | + | ||
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| - | + | ||
| - | ====== GRASS Terminology ====== | + | |
| - | + | ||
| - | * DATABASE: Main GRASS working folder. | + | |
| - | * LOCATION: Working directory. Unique map projection. | + | |
| - | * MAPSET: Subdirectories under location. | + | |
| - | * REGION: Defined by a specific extent and resolution. | + | |
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| - | ^ prefix ^ Description ^ Example ^ | + | |
| |d.* | display (graphical output) |d.rast: views raster map, d.vect: views vector map| | |d.* | display (graphical output) |d.rast: views raster map, d.vect: views vector map| | ||
| |db.* | database management |db.select: selects value(s) from table| | |db.* | database management |db.select: selects value(s) from table| | ||
| Line 80: | Line 75: | ||
| - | **Find a [[http://grass.osgeo.org/gdp/html_grass64/full_index.html|Full list of GRASS commands here]]** | + | **La liste complète des commandes GRASS [[http://grass.osgeo.org/gdp/html_grass64/full_index.html|est ici.]]** |
| - | ====== A few key functions ====== | + | ====== Fonctions clés ====== |
| |g.list rast | lists available raster maps | | |g.list rast | lists available raster maps | | ||
| Line 96: | Line 91: | ||
| - | ====== Using R with GRASS ====== | + | ====== Utiliser R avec GRASS ====== |
| - | On first use (within R): | + | Avant la première utilisation (dans R): |
| <file> | <file> | ||
| install.packages('spgrass6', dependencies=TRUE) | install.packages('spgrass6', dependencies=TRUE) | ||
| - | For Mac users, run instead: | + | Utilisateurs Mac: |
| install.packages('spgrass6', type='source', dependencies=TRUE) | install.packages('spgrass6', type='source', dependencies=TRUE) | ||
| </file> | </file> | ||
| Line 123: | Line 118: | ||
| vect2neigh return area neighbours with shared boundary length | vect2neigh return area neighbours with shared boundary length | ||
| </file> | </file> | ||
| - | |||
