Vous avez terminé vos analyses, les résultats sont conformes (ou pas !) à vos hypothèses initiales et vous désirez publier vos résultats dans une revue scientifique ? Comment valoriser au mieux tout ce travail ? Cet atelier est orienté vers les jeunes chercheurs en début de carrière (principalement MSc et PhD) qui souhaitent améliorer leur capacité de rédaction de leur premier article scientifique. Différents aspects de la communication écrite seront abordés au cours de cet atelier:

• Éviter le syndrome de la page blanche
• Apprendre à préparer un bon brouillon – les étapes clefs
• Comment faire travailler efficacement ses co-auteurs
• Comment choisir la revue adéquate
• Comprendre le processus de révision par les pairs
• Comment publier vos résultats dans une bonne revue même lorsque N=1… ou comment toucher un auditoire plus large.
• Soumettre son premier papier: suivez les instructions !
• Travaux en groupes sur vos propres manuscrits (articles scientifiques ou devis de recherche)

En revanche, cette formation ne vous apprendra pas à

• Lire
• Faire des recherches bibliographiques
• Écrire correctement en anglais
• Comment organiser votre temps de travail
• Comment ne pas procrastiner
• Devenir concis (quoi que…)

Le processus scientifique est opposé à celui d'une recette de cuisine et une approche linéaire simpliste de la méthode scientifique. La démarche scientifique est avant tout non linéaire et repose sur de nombreuses boucles de rétroactions. Le coeur de la démarche scientifique est de tester des idées. Ces idées proviennent d'autres découvertes ou explorations, de nouvelles méthodes d'analyses, d'interactions avec la communauté scientifique et de ses usagers ainsi que de l'application des découvertes. De plus, le fait de formuler et tester des hypothèses de travail contribue à générer de nouvelles idées à tester… Ce travail mérite ensuite d'être publié et ce pour plusieurs raisons:

• Permet de transmettre ses découvertes à la communauté scientifique, faire progresser la discipline et ultimement faire bénéficier la société d'applications concrètes de nouvelles découvertes
• Permet une reproductibilité de son travail
• Obtenir des fonds de recherches, obtenir des promotions ou des bourses
• Des résultats non publiés, c'est comme si vous n'aviez rien fait
• Le crédit va à l'auteur de la publication
• Un travail non revu par les pairs est souvent perçu comme un travail de moins bonne qualité
• Écrire son travail permet de mieux le comprendre
• Écrire un manuscrit est la seule façon de se rappeler de ce qu'on a fait six mois plus tard
• La qualité (souvent mesurée via l'impact factor de la revue) affecte la vie de son laboratoire et de l'unité de recherche

Il existe plusieurs formes d'écrits révisés par les pairs: chapitre de livre, papiers méthodologiques/techniques, article d'opinion ou commentaire ou encore des critiques de livres.
La formation portera sur l'écriture d'un article standard décrivant des travaux de recherche originaux. L'ordre dans lequel on lit un papier et on l'écrit sont différents

Pour éviter le syndrome de la page blanche, je vous suggère de commencer par lire, lire beaucoup et encore sur le sujet de votre recherche. Repérer le style et le ton autour de votre sujet. Commencer par faire des fiches de lectures (résultats clefs) des articles que vous avez lus. Garder une liste à jour des références que vous lisez (utilisez un logiciel pour référencer votre bibliographie). Si vous bloquez à cause de la langue, écrivez dans votre langue maternelle dans un premier temps. Vous avez toujours avantage à dialoguer avec vos collègues ou étudiants, ça aide beaucoup pour formaliser ses idées et valider de la pertinence de sa recherche ou de son propos et de la logique. Posez vous la question: Quelle histoire je veux raconter ? La démarche scientifique est une démarche créative au même titre que la démarche artistique mais les articles scientifiques sont très codifiés et il apparaît au départ assez difficile, voir déroutant de devoir formatter son esprit créatif à une forme plutôt stricte. C'est très différent d'une écriture de fiction par exemple ! L'aspect très formel de l'article scientifique permet en revanche de faciliter la lecture et permet au lecteur avisé d'obtenir rapidement l'information essentielle contenue dans un article. Vous pouvez commencer par rédiger une page (résumé) décrivant ce que vous essayez de communiquer et le faire lire pour valider l'enchainement logique de vos idées.

Un squelette permet de jeter ses idées, aucune rédaction à ce stade (hormis les hypothèses et le minimum pour comprendre ce qui a été fait) Mettez vos idées sous forme de liste que vous développerez lors de l'écriture de votre article

Introduction
1. Pourquoi ma recherche est importante?
2. Qu'est-ce qui est connu sur cette thématique?
3. Quelles sont mes hypothèses/prédictions?
4. Quels sont mes objectifs?

Matériels and Méthodes
1. Quels matériels j'ai utilisé ?
2. Quel est mon modèle/sujet d'étude ?
3. Quel est le protocole de ma recherche?
4. Quelle procédure j'ai suivi?

Résultats
1. Quel est le résultat le plus significatif?
2. Qu'est-ce qui permet de supporter mes résultats?

Discussion et Conclusions
1. Quels sont les principales découvertes de l'étude?
2. Quelle est la portée/l'implication de mes résultats?

Les points 3 et 4 doivent être retravaillés afin de s'assurer que les hypothèses sont bien posées et que les résultats obtenus permettent de tester l'hypothèse de travail. Ne passez pas trop de temps sur la qualité graphique de la figure ou des tableaux de résultats à ce stade mais assurez-vous que vos co-auteurs comprennent ce que vous avez fait, cela évitera des discussions inutiles par la suite.

Les figures peuvent faire ou défaire un papier.
Si vous lisez un papier rapidement, la chose la plus importante avec le titre et le résumé est la ou les figures.
Les figures devraient parler d'elles mêmes et n'ont pas besoin d'être expliquées dans le texte. Si vous n'arrivez pas à produire une figure, c'est que l'analyse des données ou la compréhension de vos résultats sont incomplètes (idem pour une figure conceptuelle). En regardant les figures, on devrait être en mesure de comprendre l'histoire.
Ne faites pas une figure que vous pouvez emprunter à quelqu'un d'autre (avec sa permission) comme par exemple une belle carte du site d'étude. Le travail en équipe, c'est aussi à cela qu'il sert. Vous allez devoir refaire vos figures de nombreuses fois alors idéalement gardez vos données brutes dans le même dossier où vous produisez vos figures. Mieux, utilisez R ou un autre logiciel de programmation - ainsi votre script permettra de mettre à jour la figure en fonction du nouveau jeu de données. Sous Word, utilisez un tableau avec des lignes invisibles ou blanches et insérer votre figure à l'intérieur, ça aide pour la mise en page. A l'UQAR, Nicolas Casajus & Kevin Cazelles proposent une formation sur la création de figures sous R, vous trouverez beaucoup d'informations ici: http://nicolascasajus.fr/doc/graphonr.pdf Pour info, une formation CSBQ a eu lieu les 21-22 Mai 2016 à la Réserve de Gault (Mont Saint Hilaire) - QCBS visual communication workshop

Autre truc: si vous avez un jeu de données avec des variables multiples, débutez l'exploration de vos données avec des figures descriptives. Je vous conseille vivement la lecture de Zuur et al. 2010 zuur_et_al_mee_2010.pdf

Au stade du brouillon, vous devez avoir réalisé une analyse poussée de vos données. MAIS évitez de tomber dans le piège de vouloir trouver le meilleur modèle pour trouver le meilleur modèle. Avant de tester toutes les triples interactions avec 16 variables et un jeu de données de 30 échantillons, (re)posez-vous ces questions: “Quelle histoire je veux raconter ?” “Quels sont mes questions de recherches ?” “Est-ce que cette analyse permet de répondre à mes questions ?” même si j'ai changé (un peu) ma question de recherche ?“

Vous n'arrivez plus à améliorer votre brouillon ? Il est temps d'envoyer votre squelette (avec tous vos résultats) à vos co-auteurs ou votre superviseur. Si vous ne le faites pas, vous allez perdre du temps et confiance en vous. Ne commencez pas à rédiger votre premier manuscrit avant que les résultats et analyses soient validés par votre superviseur. Si vos co-auteurs ou votre superviseur n'est pas familier avec vos méthodes (analyses statistiques poussées, design expérimental etc.), n'hésitez pas à ajouter les informations nécessaires à leur compréhension. Ajouter des notes ou commentaires à la fois pour vous et aussi pour indiquer, justifier les choix que vous avez pris dans vos analyses ou dans la suite logique de votre argumentation.
Vous avez besoin de feedback sur une section en particulier ? Indiquez le clairement. Vous souhaitez qu'un de vos co-auteur écrive une section plus pointue/spécifique, idem dites le, soyez direct. Le travail d'écriture, et la recherche au sens large se fait de plus en plus en équipe alors profitez d'avoir pour un temps 2,3,4 ou plus cerveaux qui se penchent sur vos travaux et faites en sorte de bien les utiliser !
Enfin, n'hésitez pas à ajouter d'autres graphiques descriptifs qui permettront à vos co-auteurs de comprendre l'ensemble de votre démarche et de sélectionner les résultats importants ou de déterminer quels résultats devront être placés en annexe.

A partir de votre brouillon, une fois vos analyses, figures etc. validés, vous pouvez débuter par écrire vos méthodes (plus facile). Ne passez pas trop de temps sur la qualité de l'anglais à ce stade, vous allez recevoir de nombreuses corrections (encore, si si promis !) de vos superviseurs. Les premières corrections que l'on reçoit sont toujours assez désagréables. Ne le prenez pas trop personnel, même si les commentaires sont durs, n'oubliez pas que vous êtes étudiants, donc en formation, c'est normal et l'écriture est de loin le travail le plus exigent de la recherche.
Renommez ou numérotez vos documents à chaque fois que vous y faites des changements (ajouter la date dans le nom du fichier par exemple). Aussi ne passez pas de la forme active à la forme passive dans un même paragraphe.

Ok, la page n'est plus vraiment blanche à ce stade mais rédiger de manière concise est un exercice exigent. Pour certains, c'est assez naturel, pour d'autres une vraie torture. Si jamais vous n'arrivez à rien, vraiment à rien, il faut tout de même avancer. Un moyen pour se lancer est de trouver un article proche de son sujet et de reprendre la structure des phrases de ce manuscrit mais attention le plagiat est proche ici (Habibzadeh & Winker 2009) alors mentionnez avec un commentaire d'où provient la phrase ou le paragraphe. Aussi, pour les non-english speaker, n'hésitez pas à mélanger les langues. Le message ici est: peut importe comment vous écrivez, sortez vos idées. Plus elles seront logiques et clairs, plus l'écriture sera facilitée.
Enfin, il est très facile de procrastiner - bloquez vous des heures sans facebook no Internet !

Les Matériels & Méthodes servent à évaluer votre travail et permettre la réplication de votre travail. Donnez le plus de détails possible. Si votre méthodologie a déjà été publiée dans un autre papier, vous pouvez vous y référer mais il faut tout de même pouvoir comprendre l'essentiel sans avoir à lire l'autre papier.
La voie passive est souvent préférée dans la section des Matériels & Méthodes (Martinez et al. 2005).

Vos résultats sont déjà quasiment écrits à ce stade (cf. squelette)! Il ne vous reste plus qu'à décrire vos résultats.
Organisez vos résultats en sous-sections qui correspondent à l'ordre de vos prédictions (section Introduction) pour faciliter la lecture. Ce commentaire vaut aussi pour l'organisation des sous-sections de vos méthodes. Chaque sous-section présentera des résultats différents (tables, figures, schemas, statistiques ou formules). Soyez clairs, concis et objectifs lorsque vous décrivez vos résultats.
Les long tableaux ou les résultats additionnels peuvent être inclus dans du matériel supplémentaire.

En général, on adopte une approche par entonnoir (du plus général au plus spécifique).
Tout d'abord, établissez un territoire de recherche.

• Démontrez que le domaine de recherche est important, central, intéressant et d'actualité.
• Identifiez les paradoxes s'il y a lieu.
  
• Introduisez et amenez une revue de littérature sur le sujet.

Ensuite, trouver une niche

• Indiquez les lacunes ou le manque d'informations existant dans la littérature

Enfin, occuper la niche

• Décrivez le propos de votre recherche
• Définissez vos questions et vos hypothèses
• Détaillez vos prédictions
• Au besoin décrivez votre système d'étude si nécessaire pour la compréhension des prédictions

En général, on adopte une approche par entonnoir inversé (du plus spécifique au plus général) mais c'est moins systématique.
Tout d'abord, les principales découvertes de l'étude

• Énoncez les principales découvertes de l'étude
• Expliquez le sens et l'importance de ces découvertes
• Considérez des explications alternatives

Ensuite, le contexte de la recherche

• Comparez vos résultats à d'autres études publiées
• Expliquez en quoi votre étude est en accord avec les études précédentes et pourquoi vos résultats diffèrent
• Explicitez clairement les limites, prémisses et les faiblesses de votre étude

Enfin, le chapitre de conclusion

• Résumez les réponses aux questions posées en introduction
• Indiquez la portée de vos résultats.
• Quelles implications/applications amène votre étude

Apprenez à faire des recherches bibliographiques, soit dans des bases de données (Scholar, Web of Science etc.) soit en analysant les articles cités au sein d'une référence clef. Apprenez à utiliser un logiciel de gestion de la bibliographie Ne rentrez pas vos références à la main ou en utilisant Word, vous le regretterez.

Commencez par prendre des phrases clefs dans chaque section de votre manuscrit. Un résumé est en général inférieur à 350 mots et doit être compris en dehors de l'article par des non-spécialistes. C'est un exercice de vulgarisation. Un résumé se décline en plusieurs points:
1. Décrire la question conceptuel ou le débat scientifique où se place l'étude
2. Décrire le système d'étude et la question spécifique
3. Méthodo
4. Resultats principaux
5. Conclusion/highlight sur l'apport de l'étude au niveau conceptuel + implications possibles
Quelques conseils utiles sont disponibles ici http://authorservices.wiley.com/bauthor/seo.asp

Chaque journal a son domaine de spécialisation et l'auditoire varie pour chaque domaine de recherche. Le choix du journal va dépendre de la portée plus ou moins large de notre étude. Vous devez vous poser la question: “Est-ce que mon étude peut intéresser un journal généraliste ou plus spécialisé ?” C'est pas toujours évident, votre superviseur sera votre meilleur allié.
Sélectionnez 2 à 3 journaux et discutez avec vos co-auteurs d'une stratégie (en cascade selon l'impact factor des revues ?). Ensuite formatez votre manuscrit selon les indications de la revue, même si cela est une perte de temps (Brischoux & Legagneux 2009).
Pour des revues short and sexy du style Nature, Science, PNAS, TREE, Biology letters, etc. l'écriture n'est pas tout a fait identique et certains ajustements (et donc du temps) sont à considérer. Ils ne seront pas abordés ici.
Avant de soumettre relisez le manuscrit ou faites le relire. Regardez avec attention les figures et les légendes. Est-ce que les figures/tableaux sont bien référencés dans le texte (pas d'inversion de nombre).
Vous avez tout intérêt à ce stade à faire relire votre manuscrit par un externe. Cela peut être un collègue de votre superviseur, ou une personne que vous connaissez ou encore un étudiant. Vous avez tout à gagner d'échanger vos manuscrits entre étudiants. Vous apprendrez de nouvelles choses et vous aiguiserez votre sens critique, voir votre autocritique ce qui vous fera gagner du temps par la suite. Faites relire le papier par un native english speaker.
Assurez-vous que tous vos co-auteurs ont bien lus et validés la version finale du papier. Aussi, demandez-leur une liste d'arbitres potentiels, la revue vous demandera ces informations lors de la soumission. D'ailleurs, commencez par faire une soumission sur le serveur de la revue afin d'avoir en main toutes les informations qui vous serons demandées.

La lettre d'accompagnement ou cover letter doit être adressée à l'éditeur et consiste en un paragraphe mettant en lumière l'importance de votre travail. Ne négligez pas la cover letter, c'est TRES IMPORTANT car elle va déterminer si l'éditeur décide d'envoyer votre manuscrit pour arbitrage ou non et cette décision est directement liée à la qualité de votre lettre (et de votre manuscrit, évidemment).
Voici la structure de la lettre:
Une introduction énonçant le titre du manuscrit et le journal dans lequel vous souhaitez le soumettre.
La raison de votre choix : pourquoi ce journal serait le meilleur pour publier votre travail.
La question de recherche que vous abordez.
Les résultats majeurs que vous avez trouvez et en quoi ils éclairent une spécialité, un domaine ou une discipline ou bien permettent de résoudre ou éclairer un débat scientifique.
Un énoncé disant que le manuscrit a été relu par tous les co-auteurs et qu'ils approuvent la soumission.
Tout autre détail qui pourrait encourager l'éditeur à envoyer votre manuscrit pour arbitrage
Voilà, vous pouvez soumettre en ligne (cela prend en général 1-2 heures)

Votre manuscrit va être revu par 2-3 arbitres et cela prend en général 2-3 mois… soyez patients mais dites vous que ce sont des chercheurs, professeurs, étudiants qui le fond “bénévolement” en plus de leur travail.

Voici les questions que vont se poser les arbitres:
Le papier correspond-t-il aux standards et aux objectifs de la revue visée ?
La question de recherche est-elle claire et l'approche appropriée ?
Les méthodes et les analyses utilisées sont-elles appropriées pour répondre à la question de recherche ?
L'étude est-elle novatrice et/ou originale ?
L'étude remet-elle en cause des paradigmes existants ou apporte une plus grande connaissance ?
L'étude développe-t-elle de nouveaux concepts
Les méthodes sont-elles décrites clairement pour pouvoir répliquer l'étude ?
Les méthodes d'analyses statistiques sont-elles appropriées et soutiennent-elles les résultats ?
La présentation des résultats améliore-t-elle la compréhension ?
Est-ce que l'étude respecte les considérations éthiques dans le domaine ?
Les conclusions sont-elles appropriées?

Une fois arbitré, votre article sera rejeté 3 fois sur 4 (voir section suivante) mais vous aurez aussi la possibilité de réviser votre manuscrit en réponse aux commentaires des arbitres.

Les arbitres vont mettre en avant les problèmes liés à votre étude (c'est leur job) mais aussi émettre des suggestions pour améliorer le contenu scientifique. Lisez les commentaires attentivement. Si un arbitre a mal interprété certains aspect de vos travaux, ne le blâmez pas, c'est surement que vous les avez mal expliqué et que vous devez retravailler ce point. Même si l'arbitre est complètement dans le champ (ou les choux), restez polis et ré-expliquez votre point dans la réponse aux arbitres.
Cette lettre est un peu comme une cover letter où se rajoute une réponse aux arbitre point par point dans laquelle on indique tous les changements effectués et les lignes où ces changements ont été effectués.
Encore une fois, relisez votre manuscrit avant re-soumission et faites relire le tout par vos co-auteurs et re-soumettez votre manuscrit.
Une fois votre manuscrit accepté, vous allez recevoir les épreuves (ou proofs), c'est la dernière étape pour effectuer les corrections finales.

Ne vous découragez pas, c'est la norme malheureusement !
Lisez les commentaires des arbitres, il y a souvent de bons commentaires à l'intérieur. Trouvez ce qui pourrait rendre votre papier plus fort et acceptable pour publication. Ne re-soumettez pas directement votre manuscrit à un autre journal, améliorez le avant. C'est important de prendre en compte les commentaires des arbitres avant de re-soumettre car il est probable qu'un même arbitre évalue votre travail à nouveau.
Si vous n'êtes vraiment pas en accord avec l'évaluation de votre travail ou de la décision de l'éditeur (par exemple, vous recevez 3 évaluations dithyrambiques mais l'éditeur décide de rejeter votre manuscrit pour des raisons obscures) alors n'hésitez pas à contacter la direction éditoriale de la revue et écrire un rebuttal mais dites-vous que cette démarche a très peu de chance d'aboutir mais il arrive parfois que la décision soit reconsidérée et que votre manuscrit finisse par être accepté.

Cette section est plus difficile à écrire (alors venez assister à la formation!) et dépend vraiment du sujet mais il est parfois possible de mettre en perspective un résultat qui pris isolement paraitra anecdotique. \\Autrement dit un même résultat pourra être publié comme une note dans une revue technique ou dans une revue avec un fort impact. Cela dépend comment on raconte notre histoire et comment on développe une question de recherche. Vous aurez souvent plus d'impact si vous mettez votre résultat dans une perspective plus large ou évolutive (mais encore une fois, ça dépend vraiment du domaine).
Vous pouvez utiliser des données additionnelles issues de la littérature pour atteindre un objectif plus large. Vous n'êtes pas obligés de vous limiter à votre propre jeu de données ou à un champ disciplinaire très spécialisé. Pour cela, je n'ai qu'une recette: lire beaucoup (de science) en dehors de votre domaine. Une grande culture scientifique vous aidera à faire des liens originaux et à trouver une perspective plus global à vos questions de recherche.
Je vous donne 2 exemples (l'histoire des tricots rayés et l'histoire des mouches noires) dans cette formation.

Alley, M. The craft of scientific writing. Third edition.
Brischoux, F., Bonnet, X. & Shine, R. 2009 Kleptothermy: an additional category of thermoregulation, and a possible example in sea kraits (Laticauda laticaudata, Serpentes). Biology Letters 5:729-731.
Brischoux F., Bonnet X., Cook T. R., Shine R. 2007 Snakes at sea: diving performances of free-ranging sea kraits. In Proc. 11th Annual Meeting on Health, Science and Technology, Tours University, France.
Brischoux, F., Bonnet, X., Cook TR & Shine, R. 2008. Allometry of diving capacities: ectothermy vs. endothermy. Journal of evolutionary biology 21(1): 324-329.
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How to write a first class paper
http://www3.nd.edu/~pkamat/pdf/researchpaper.pdf
http://undsci.berkeley.edu/article/0_0_0/howscienceworks_02
https://www.youtube.com/watch?v=0oAFVHb21HM
https://www.youtube.com/watch?v=p9Qw6WpKHsM
http://www.nature.com/news/the-top-100-papers-1.16224
https://www.youtube.com/watch?v=hNENiG7LAnc
http://nicolascasajus.fr/doc/graphonr.pdf
http://www.nature.com/news/open-access-is-tiring-out-peer-reviewers-1.16403?WT.ec_id=NATURE-20141127
http://www.nature.com/news/open-access-the-true-cost-of-science-publishing-1.12676

kallestinova.pdf boringsciencepapers.pdf
figure_heart.full.pdf penguano.pdf
zuur_et_al_mee_2010.pdf zuurlenoelpick_r_typs.zip
peer-review_a_reviewers_guide_to_ethics_in_publishing.pdf peer-review_the-nuts-and-bolts.pdf dont_format_ms_scientist2009.pdf
ecto_vs_endo.pdf kleptothermy.pdf bmhst.pdf halsey_et_al._2006_phylogenetic_analysis_of_the_allometry_of_diving.pdf