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r_symposium_2018 [2018/05/11 13:15] mariehbrice [Résumés des ateliers] |
r_symposium_2018 [2018/07/07 14:19] (current) vincent_fugere |
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| * 10h45: **Survival analyses with R II** //by Julie Landes// | * 10h45: **Survival analyses with R II** //by Julie Landes// | ||
| * 12h00: Lunch | * 12h00: Lunch | ||
| - | * 13h30: **eDNA metabarcoding: From raw data to RDA** //by Alexis Carteron & Simon Morvan// | + | * 13h00: **eDNA metabarcoding: From raw data to RDA** //by Alexis Carteron & Simon Morvan// |
| * 15h45: Departure from SBL | * 15h45: Departure from SBL | ||
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| La diversité bêta représente la variation dans la composition de la communauté entre deux ou plusieurs sites. Cette dimension importante de la biodiversité lie la diversité aux échelles locale et régionale (diversité alpha et gamma) et joue un rôle important dans le fonctionnement des méta-communautés. Il est également possible de mesurer la diversité bêta à travers le temps afin de quantifier le renouvellement des espèces au sein des communautés et la stabilité de celles-ci. Bien que la notion de diversité bêta ait été amenée par Whittaker dans les années soixante, plusieurs développements méthodologiques récents permettent une meilleure caractérisation de la diversité bêta, incluant par exemple de nouvelles méthodes pour partitionner la diversité bêta en ses deux composantes principales : l’emboîtement (nestedness) et le renouvellement d’espèces (turnover). Cet atelier présentera plusieurs méthodes pour mesurer la diversité bêta à travers l’espace et le temps (contributions locales/spécifiques à la diversité bêta, analyse de dispersion multi-variables et partitionnement de la diversité bêta). Nous espérons aussi que cet atelier montrera qu’une analyse de la diversité bêta amène une compréhension plus nuancée de la réponse d’une communauté à une perturbation anthropique. | La diversité bêta représente la variation dans la composition de la communauté entre deux ou plusieurs sites. Cette dimension importante de la biodiversité lie la diversité aux échelles locale et régionale (diversité alpha et gamma) et joue un rôle important dans le fonctionnement des méta-communautés. Il est également possible de mesurer la diversité bêta à travers le temps afin de quantifier le renouvellement des espèces au sein des communautés et la stabilité de celles-ci. Bien que la notion de diversité bêta ait été amenée par Whittaker dans les années soixante, plusieurs développements méthodologiques récents permettent une meilleure caractérisation de la diversité bêta, incluant par exemple de nouvelles méthodes pour partitionner la diversité bêta en ses deux composantes principales : l’emboîtement (nestedness) et le renouvellement d’espèces (turnover). Cet atelier présentera plusieurs méthodes pour mesurer la diversité bêta à travers l’espace et le temps (contributions locales/spécifiques à la diversité bêta, analyse de dispersion multi-variables et partitionnement de la diversité bêta). Nous espérons aussi que cet atelier montrera qu’une analyse de la diversité bêta amène une compréhension plus nuancée de la réponse d’une communauté à une perturbation anthropique. | ||
| - | {{ :beta_div_presentation.pdf | Présentation}}\\ | + | [[https://github.com/VFugere/QCBS_betadiv]] |
| - | {{ :beta_div_code.R | Code R}}\\ | + | |
| **Analyses géospatiales et cartographie sous R** //par Marie-Hélène Brice// | **Analyses géospatiales et cartographie sous R** //par Marie-Hélène Brice// | ||
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| Variation in species composition across sites is known as beta diversity. This important dimension of biodiversity, which links local-scale (alpha) diversity to regional (gamma) diversity, is increasingly recognized as a key factor influencing metacommunity functioning and as an important target for conservation action. Beta diversity can also be measured over time, indicating species turnover in community composition within sites and providing a convenient measure of community stability. Although beta diversity indices have been available since Whittaker’s seminal monograph in 1960, there has been many recent methodological developments to improve the quantification of beta diversity, including novel tools to investigate the long-standing problem of partitioning beta diversity into community nestedness and species replacement/turnover. This workshop will explore these tools and describe common methods to measure temporal and spatial beta diversity (Local/Species contribution to beta diversity, PERMDISP on incidence and abundance-based dissimilarity indices, and beta diversity decomposition). By doing so, we also hope to illustrate how beta diversity analyses can refine our understanding of human impacts on ecological communities. | Variation in species composition across sites is known as beta diversity. This important dimension of biodiversity, which links local-scale (alpha) diversity to regional (gamma) diversity, is increasingly recognized as a key factor influencing metacommunity functioning and as an important target for conservation action. Beta diversity can also be measured over time, indicating species turnover in community composition within sites and providing a convenient measure of community stability. Although beta diversity indices have been available since Whittaker’s seminal monograph in 1960, there has been many recent methodological developments to improve the quantification of beta diversity, including novel tools to investigate the long-standing problem of partitioning beta diversity into community nestedness and species replacement/turnover. This workshop will explore these tools and describe common methods to measure temporal and spatial beta diversity (Local/Species contribution to beta diversity, PERMDISP on incidence and abundance-based dissimilarity indices, and beta diversity decomposition). By doing so, we also hope to illustrate how beta diversity analyses can refine our understanding of human impacts on ecological communities. | ||
| - | {{ :beta_div_presentation.pdf | Présentation}}\\ | + | [[https://github.com/VFugere/QCBS_betadiv]] |
| - | {{ :beta_div_code.R | Code R}}\\ | + | |
| **Geospatial analyses and cartography with R** //by Marie-Hélène Brice// | **Geospatial analyses and cartography with R** //by Marie-Hélène Brice// | ||
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| During this workshop, you will learn how to perform survival analyses with R. These models allow to study the time to an event of interest (e.g. death, first reproduction, observation of a behavior,…), and the factors that affect this time. First, you will learn how to organize and format your data. Then, we will go through the different steps of survival analyses: non-parametric estimation of the survival function, Cox’s models and parametric models. For each step, you will learn how to interpret and to illustrate the results. | During this workshop, you will learn how to perform survival analyses with R. These models allow to study the time to an event of interest (e.g. death, first reproduction, observation of a behavior,…), and the factors that affect this time. First, you will learn how to organize and format your data. Then, we will go through the different steps of survival analyses: non-parametric estimation of the survival function, Cox’s models and parametric models. For each step, you will learn how to interpret and to illustrate the results. | ||
| - | {{ :Survival_workshop_RSymposium.zip | Workshop material}}\\ | ||
| - | {{ :Survival_workshop_RCode_vf.r | R code new version}}\\ | ||
| - | {{ :Survival_analyses_JL.pptx | Presentation}}\\ | ||
| **Phylogenetic Comparative Methods in R** //by Pedro Henrique Pereira Braga// | **Phylogenetic Comparative Methods in R** //by Pedro Henrique Pereira Braga// | ||
