Le 21 juin 2011, sept membres du CSBQ se sont réunis pour un club de lecture sur le thème : “Que faire de plus avec mon arbre phylogénétique”

Simon Joly, chercheur au Jardin Botanique de Montréal, nous a entretenu de l’inadéquation entre l’arbre phylogénétiques d’espèces et les arbres de gènes. L’article de (Maddison, 1997), sans être le premier avancer l’idée, l’a vraiment solidifié. Simon nous a présenté des figures tirés d’un article de (Degnan & Rosenberg, 2009) qui suggère qu’analyser plus de données ne rapproche pas toujours de la vraie histoire évolutive. Parfois, les arbres phylogénétiques les plus probables ne sont pas ceux qui reflètent l’évolution. Simon a de plus présenté une méthode qu’il a lui même développée (Joly et al., 2009), qui permet, en incorporant les distances génétiques, de donner une probabilité à l’explication du triage aléatoire de lignées ou à l’explication de l’hybridation dans des cas d’incompatibilité entre arbres de gènes et d’espèces. Il nous a de plus montré que les risques que les arbres de gènes ne représentent pas l’évolution des espèces dépendent de la taille des populations et du temps de divergence. Simon a terminé en présentant différentes façons d’inclure des variables bioclimatiques et de niches à l’histoire évolutive d’espèces proches parentes.