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phylogeny_journal_club [2011/06/27 10:10] csbq_qcbs |
phylogeny_journal_club [2011/06/30 12:24] csbq_qcbs |
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| =====“Que faire de plus avec mon arbre phylogénétique” club de lecture du CSBQ du 21 juin 2011===== | =====“Que faire de plus avec mon arbre phylogénétique” club de lecture du CSBQ du 21 juin 2011===== | ||
| - | Le 21 juin 2011, sept membres du CSBQ se sont réunis pour un club de lecture sur le thème : [[http://qcbs.ca/fr/formation/ateliers/phylogenies/|“Que faire de plus avec mon arbre phylogénétique”]] | + | Le 21 juin 2011, sept membres du CSBQ se sont réunis pour un club de lecture sur le thème : [[http://qcbs.ca/fr/formation/ateliers/phylogenies/|“Que faire de plus avec mon arbre phylogénétique”]]. Annie a débuté la rencontre en présentant une très brève introduction aux étapes principales et des logiciels disponibles pour mener une analyse phylogénétique, afin de permettre aux non-initiés de s'y retrouver dans la littérature scientifique. A voir sur notre [[http://vimeo.com/25769489|canal Vimeo]] |
| ===Reconstituter l'arbres des espèces=== | ===Reconstituter l'arbres des espèces=== | ||
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| Cécile Albert, du département de Biologie de l’Université McGill, a présenté un article à propos des conséquences projetées que les changements climatiques auront jusqu’en 2080 sur la diversité phylogénétique des plantes, des oiseaux et des mammifères en Europe ((Thuiller W, Lavergne S, Roquet C, Boulangeat I, Lafourcade B, Araujo MB. 2011. Consequences of climate change on the tree of life in Europe. Nature 470: 531-534.[[http://www.nature.com/doifinder/10.1038/nature09705|10.1038/nature09705]])). Cécile a pris soin de présenter au groupe certaines des méthodes d’analyse de la distribution des espèces. Les modèles de prévisions climatologiques et de distribution des espèces ainsi que les méthodes de reconstructions phylogénétiques de l’étude sont solides. Une série de résultats montre que les espèces qui risquent l’extinction sont distribuées quasi-aléatoirement dans les arbres phylogénétiques. Une autre série de résultats démontre toutefois que les régions géographiques ne seront pas affectées de la même façon. Le sud de l’Europe verra sa diversité phylogénétique réduite alors qu’elle pourra augmenter légèrement pour les régions nordiques ou alpines. Cécile a souligné la difficulté d’analyser de si grands jeux de données, qui en rend l’interprétation risquée. | Cécile Albert, du département de Biologie de l’Université McGill, a présenté un article à propos des conséquences projetées que les changements climatiques auront jusqu’en 2080 sur la diversité phylogénétique des plantes, des oiseaux et des mammifères en Europe ((Thuiller W, Lavergne S, Roquet C, Boulangeat I, Lafourcade B, Araujo MB. 2011. Consequences of climate change on the tree of life in Europe. Nature 470: 531-534.[[http://www.nature.com/doifinder/10.1038/nature09705|10.1038/nature09705]])). Cécile a pris soin de présenter au groupe certaines des méthodes d’analyse de la distribution des espèces. Les modèles de prévisions climatologiques et de distribution des espèces ainsi que les méthodes de reconstructions phylogénétiques de l’étude sont solides. Une série de résultats montre que les espèces qui risquent l’extinction sont distribuées quasi-aléatoirement dans les arbres phylogénétiques. Une autre série de résultats démontre toutefois que les régions géographiques ne seront pas affectées de la même façon. Le sud de l’Europe verra sa diversité phylogénétique réduite alors qu’elle pourra augmenter légèrement pour les régions nordiques ou alpines. Cécile a souligné la difficulté d’analyser de si grands jeux de données, qui en rend l’interprétation risquée. | ||
| - | ===Détecter à quel moment de leur histoire les gènes dupliqués subissent un pression de sélection=== | + | ===Détecter à quel moment de leur histoire les gènes dupliqués subissent une pression de sélection=== |
| Annie Archambault, professionnelle de recherche au [[http://qcbs.ca/fr|CSBQ]], a ensuite présenté un article qui s’intéresse à la pression évolutive subie par les gènes dupliqués ((Han MV, Demuth JP, McGrath CL, Casola C, Hahn MW. 2009. Adaptive evolution of young gene duplicates in mammals. Genome Research 19: 859-867.[[http://genome.cshlp.org/cgi/doi/10.1101/gr.085951.108|10.1101/gr.085951.108]])). A partir de 10204 familles de gènes, les auteurs ont extrait près de 3000 « sous-arbres » qui contiennent des paralogues dupliqués uniquement dans une lignée de mammifère. Les biais principaux ont été éliminés un à un, par exemple ceux liés aux difficultés d’alignement, à la convergence des analyses de détection de sélection positive, à la mauvaise qualité du génome du macaque, au déséquilibre du nombre de gènes dupliqués par rapport aux orthologues en copie unique, ou encore à la recombinaison dans les paralogues. Simon a fait remarqué que les auteurs auraient peut-être dû soustraire de leur jeu de données tous les biais en même temps. La comparaison démontre que les gènes récemment dupliqués subissent de la sélection positive beaucoup plus marquée que les orthologues en copie unique. Les auteurs ont de plus comparé la localisation dans le génome des gènes dupliqués et identifié ceux qui ont sont resté au même endroit (gène parent) et ceux qui sont dupliqué à un nouvel endroit dans le génome (gène fils). La comparaison des deux classes de gènes (parent et fils) indique que la pression positive se produit habituellement après qu’un gène se soit déplacé dans le génome, ce qui corrobore le modèle de néofonctionalisation. Annie a conclu en précisant que la particularité de cette étude réside dans l’analyse des duplications spécifiques à des lignées, et que la présence de duplication a des répercussions pour le choix et l’analyse phylogénétique de gènes nucléaires en systématique moléculaire. | Annie Archambault, professionnelle de recherche au [[http://qcbs.ca/fr|CSBQ]], a ensuite présenté un article qui s’intéresse à la pression évolutive subie par les gènes dupliqués ((Han MV, Demuth JP, McGrath CL, Casola C, Hahn MW. 2009. Adaptive evolution of young gene duplicates in mammals. Genome Research 19: 859-867.[[http://genome.cshlp.org/cgi/doi/10.1101/gr.085951.108|10.1101/gr.085951.108]])). A partir de 10204 familles de gènes, les auteurs ont extrait près de 3000 « sous-arbres » qui contiennent des paralogues dupliqués uniquement dans une lignée de mammifère. Les biais principaux ont été éliminés un à un, par exemple ceux liés aux difficultés d’alignement, à la convergence des analyses de détection de sélection positive, à la mauvaise qualité du génome du macaque, au déséquilibre du nombre de gènes dupliqués par rapport aux orthologues en copie unique, ou encore à la recombinaison dans les paralogues. Simon a fait remarqué que les auteurs auraient peut-être dû soustraire de leur jeu de données tous les biais en même temps. La comparaison démontre que les gènes récemment dupliqués subissent de la sélection positive beaucoup plus marquée que les orthologues en copie unique. Les auteurs ont de plus comparé la localisation dans le génome des gènes dupliqués et identifié ceux qui ont sont resté au même endroit (gène parent) et ceux qui sont dupliqué à un nouvel endroit dans le génome (gène fils). La comparaison des deux classes de gènes (parent et fils) indique que la pression positive se produit habituellement après qu’un gène se soit déplacé dans le génome, ce qui corrobore le modèle de néofonctionalisation. Annie a conclu en précisant que la particularité de cette étude réside dans l’analyse des duplications spécifiques à des lignées, et que la présence de duplication a des répercussions pour le choix et l’analyse phylogénétique de gènes nucléaires en systématique moléculaire. | ||
