====== Le Wiki du CSBQ - The QCBS Wiki ====== Le CSBQ a mis sur pied un wiki afin de permettre aux membres d'interagir sur des sujets relatifs à la science de la biodiversité. | The QCBS established a wiki to allow members to interact with each other on topics related to biodiversity science. ===== Réseau étudiant | Student Network ===== Consultez la [[reseau_etudiant| page du réseau des étudiants]] pour obtenir de l’information sur les différentes initiatives étudiantes et pour entrer en contact avec les membres. Visit the [[student_network| student network page]] to obtain information on the different student activities and to communicate with all members. ---- ===== Ateliers — Workshops ===== === Ateliers R | R workshops === * [[r|Ateliers R du CSBQ]] * [[meta-analysis-workshop|Atelier sur les méta-analyses]] * [[lmm.workshop| Atelier de formation sur les modèles linéaires à effets mixtes avec R ]] * [[r|QCBS R Workshops]] * [[meta-analysis-workshop|Meta-analysis workshop]] * [[lmm.workshop| Linear mixed models workshop in R]] == Colloque en R | R Symposium == * [[r_symposium_2017| 2017 Colloque en R du CSBQ]] * [[r_symposium_2018| 2018 Colloque en R du CSBQ]] * [[r_symposium_2019| 2019 Colloque en R du CSBQ]] * [[r_symposium_2017| 2017 QCBS R Symposium]] * [[r_symposium_2018| 2018 QCBS R Symposium]] * [[r_symposium_2019| 2019 QCBS R Symposium]] === Analyses spatiales | Spatial analysis === * [[introsig|Atelier d'introduction aux SIG avec QGIS]] * [[geostats|Introduction à la géostatistique avec R]] * [[specialspatial|Utilisation des logiciels libres pour l'analyse spatiale avancée]] * [[onlinegis|Introduction to GIS with QGIS workshop]] * [[geostatistics|Introduction to geostatistics with R]] * [[spatialspecial|Advanced spatial analysis using open source tools]] === Gestion de base de données | Database management === * [[bdlibre|Introduction à la gestion des bases de données avec des logiciels libres]] * [[opendb|Introduction to database management with open source tools]] === Communication scientifique | Scientific communication === * [[comm_sci|Comment donner une bonne présentation scientifique]] * [[viz|Atelier de communication visuelle]] * [[atelier_comm | Atelier de communication scientifique écrite]] * [[graphiques|Intro au design graphique et manipulation d'images (logiciels libres)]] * [[sci_comm|How to give a great scientific talk]] * [[viz|Visual communication workshop]] * [[atelier_comm | (FR only) Atelier de communication scientifique écrite]] * [[graphics|Intro to graphic design and image manipulation (open source tools)]] === Divers ateliers | Miscellaneous workshops === * [[buildingaphylogeny|Basic steps for building a phylogenetic tree]], including [[phylogeny_with_beast|Dating node in a tree with BEAST2.0]] * [[rqda|Qualitative data analysis using RQDA]] * [[biome|BIOinformatics for MEtabarcoding]] ===== Seminars and Journal Club ===== * [[microecoconf|Série de Conférences en Écologie Microbienne 2018-2019]] * [[Midi Numérique | Midi numérique - UdM - Rencontres mensuelles organisée à l'UdM pour discuter de questions écologiques / statistiques / numériques - 2016]]\\ * [[Journal Club - Ecologie/Evolution/Genetique | Journal Club - Ecologie/Evolution/Génétique - Rencontres hebdomadaires pour discuter d'un article scientifique - 2016]]\\ * [[Phylogeny journal club|What can I get from my phylogenetic tree? Journal Club held in June 2011]]\\ * [[http://interlabs.pbworks.com/w/page/90544655/Accueil|Inter-labs et midis numériques de l'UQAR]]\\ ---- ===== Ressources | Resources ===== Des méthodes et protocoles sont présentés sur certaines pages du wiki, entre autre sur les pages à propos de biologie moléculaire. L'option de recherche "Search" tout en haut à droite est la meilleure façon de naviguer entre les pages. === General Resources in Biology === * [[BiodiversityScience|Bibliographic resources for biodiversity science]]\\ * [[https://entomology.ifas.ufl.edu/frank/kiss/|"Keep it short & straightforward": writing help]] ---- === Initiatives for biodiversity data sharing === * [[Online websites and tools for biodiversity data sharing]] ---- === Molecular Biology, DNA sequences analyses, and metabarcoding === ==In the lab== *[[Setting up a molecular biology laboratory|Setting up a laboratory for molecular biology]] *[[Sample collection and DNA extraction|Good practices for sample collection; and DNA extraction methods]] *[[Real time PCR|Quantitative real time PCR]], usually from cDNA *[[High throughput sequencing for genetic diversity|High throughput sequencing for genetic diversity]] ==At the computer (bioinformatic tools)== *[[NGS sequence alignment and variant calling|High throughput sequencing (NGS)]] *[[Phylogenetics | Phylogenetics]] *[[BLAST|BLAST]] *[[Sequence Alignment|Sequence Alignments]] *[[Bioinformatic tools to detect microsatellites loci from genomic data|Detect microsatellites loci from genomic data]] *[[Guide to amplicon sequencing experiment|Amplicon sequencing]] for microbial communities *[[https://github.com/CristescuLab/Tutorials|Bioinformatics tutorials (Bash, quality control, etc.)]] *[[https://github.com/alexiscarter/BIOME| BIOME Workshop | Atelier BIOME]] [[https://docs.google.com/document/d/1GCTyLQ2EziG1UaZcCKPWW93TPJT8LT96-gDbGxeKCEY/edit?usp=sharing|(Workshop notes)]] *[[http://www.computationalgenomics.ca | C3G]] and see the [[http://www.computationalgenomics.ca/cvmfs-modules/| Bioinformatics resources]] *[[https://bitbucket.org/mugqic/genpipes/overview| Bioinformatics pipelines "GenPipes"]] ---- === Statistical tools === * [[Geomatics|Geomatics for biodiversity research]]\\ * [[Statistics|Statistical tools for biodiversity research]]\\ * [[Resources for R]]\\ ---- === Seminars and Journal Club === * [[Midi Numérique | Midi numérique - UdM - Rencontres mensuelles organisée à l'UdM pour discuter de questions écologiques / statistiques / numériques - 2016]]\\ * [[Journal Club - Ecologie/Evolution/Genetique | Journal Club - Ecologie/Evolution/Génétique - Rencontres hebdomadaires pour discuter d'un article scientifique - 2016]]\\ * [[Phylogeny journal club|What can I get from my phylogenetic tree? Journal Club held in June 2011]]\\ * [[http://interlabs.pbworks.com/w/page/90544655/Accueil|Inter-labs et midis numériques de l'UQAR]]\\ ----