======= Atelier de formation sur les modèles linéaires à effets mixtes avec R | Linear mixed model workshops in R ======= **Organisation/Organization**: [[https://www.katelaskowski.com | Kate Laskowski]], [[https://qcbs.ca/fr/membre/?profile=204 | Pierre-Olivier Montiglio]], [[https://qcbs.ca/fr/membre-etudiant/?student=2617 | Mélodie de Jaham]] & [[https://qcbs.ca/student-member/?student=2447 | Marc-Olivier Beausoleil]]. Dr. Kate Laskowski (IGB, Berlin) a donné un atelier de 6 jours sur les modèles mixtes avec R. C'est un atelier de 3 jours de leçons en anglais, suivis de 3 jours de travail supervisé sur les données des participants à l'atelier. Participer à l’atelier nécessite un ordinateur avec une installation de R fonctionnelle, et une connaissance de base du logiciel R (être capable de saisir des commandes, d’importer des données, et produire des figures simples). Les leçons portent sur les sujets suivants: 1 – Les bases d’un modèle linéaire: postulats, interprétation, et lecture des sorties d’un modèle. 2 – Introduction aux modèles mixtes: quand ils sont nécessaires, postulats, et différences entre les effets fixes et aléatoires. 3 – La sélection de modèles: exploration des données, modèles a priori, sélection et validation des modèles. 4 – Les effets aléatoires nichés et croisés. Modèles de regression aléatoires. 5 – Interpréation et pertinence des modèles: estimer la répétabilité, et le coefficient de détermination des modèles mixtes. 6 – Problèmes de postulats: hétérogénéité des variances et patrons d’auto-correlation. Nous encourageons vivement les personnes moins familières avec R à consulter le [[https://qcbs.ca/wiki/r_atelier1 | premier (Introduction à R)]] et le [[https://qcbs.ca/wiki/r_atelier2 | deuxième (Charger et manipuler des données)]] atelier sur le CSBQ. --- Dr. Kate Laskowski (IGB, Berlin) gave a 6 days workshop on mixed-models in R. The workshop included 3 days of lessons followed by supervised work on the attendants’ projects. The workshop will be in English and requires at laptop with R installed (and working). We assume you have a basic knowledge of R (i.e. knowing how to enter commands, import data, and produce simple figures). The workshop addresses the following topics: 1 - Basics to linear models: assumptions, interpretations and how to read an R output 2 - Intro to mixed models: when they are necessary, assumptions, difference between fixed and random effects 3 - Proper model selection: data exploration, a priori models, model selection, model validation 4 - Other random effects: nested versus crossed random effects, random regression models (e.g. random slopes) 5 - Model interpretation and relevance: estimating repeatability and R2 from mixed model, data centering 6 - Dealing with assumption violations: variance heterogeneity and auto-correlation We strongly encourage people that are less familiar with R to consult the [[https://qcbs.ca/wiki/r_workshop1 | first (Introduction to R)]] and [[https://qcbs.ca/wiki/r_workshop2 | second (Loading and manipulating data)]] QCBS workshop. ---- Questions? : [[montiglio.pierre-olivier@uqam.ca | Pierre-Olivier Montiglio]] ---- ===== Notes collaboratives de l'atelier | Collaborative notes of the workshop ===== Les étudiants ont pris des notes ensemble pendant l'atelier. Vous pouvez [[https://docs.google.com/document/d/1bdgcstVYnxNRk9fbC1fWne0NCkz7jLATv3QPsvzzaVM/edit?usp=sharing | les consulter en suivant ce lien]]. --- Students have been taking notes together during the workshop. You can [[https://docs.google.com/document/d/1bdgcstVYnxNRk9fbC1fWne0NCkz7jLATv3QPsvzzaVM/edit?usp=sharing | consult them following this link]]. ===== Présentation | Slides ===== Les diapositives de la présentation ont été réalisées par Kate Laskowski. Elles sont en anglais seulement. Pour les exemples dans les différentes présentations, Kate utilise [[http://highstat.com/index.php/mixed-effects-models-and-extensions-in-ecology-with-r | les jeux de données sur cette page]], qui peuvent être [[http://highstat.com/Books/Book2/ZuurDataMixedModelling.zip | directement téléchargés à partir de ce lien]]. install.packages("nlme") install.packages("lme4") install.packages("emmeans") install.packages("MuMIn") {{ :wiki:lmm_workshop:lmm_uqam_2019.r | Téléchargez le script de l'atelier ici}}. --- The presentation slides were made by Kate Laskowski. They are in English only. For the examples in the various presentations, Kate use [[http://highstat.com/index.php/mixed-effects-models-and-extensions-in-ecology-with-r | the datasets from this page]], which can be [[http://highstat.com/Books/Book2/ZuurDataMixedModelling.zip | directly downloaded from this link]]. install.packages("nlme") install.packages("lme4") install.packages("emmeans") install.packages("MuMIn") {{ :wiki:lmm_workshop:lmm_uqam_2019.r | Download the workshop script here}}. - {{ :wiki:lmm_workshop:1_linear_regression_2018.pdf | Linear regression}} - {{ :wiki:lmm_workshop:2_model_assumptions_2018.pdf | Model assumptions}} - {{ :wiki:lmm_workshop:3_intro_to_mixed_models_2018.pdf | Introduction to mixed models}} - {{ :wiki:lmm_workshop:4_model_selection_2018.pdf | Model selection}} - {{ :wiki:lmm_workshop:5_more_random_effects_2018.pdf | More random effects}} - {{ :wiki:lmm_workshop:6_r2_values_2018.pdf | R-squared values}} - {{ :wiki:lmm_workshop:7_centering_for_interpretation_2018.pdf | Centering for interpretation}} - {{ :wiki:lmm_workshop:8_variance_heterogeneity_2018.pdf | Variance heterogeneity}} - {{ :wiki:lmm_workshop:9_random_regression_2018.pdf | Random regression}} ===== Références | References===== * Crawley, M. J. 2013. The R book. Second edition. John Wiley & Sons, Ltd, United Kingdom. * Gelman, A., and J. Hill. 2007. Data Analysis Using Regression and Multilevel/Hierarchical Models. Pages 1–651. Cambridge University Press, Cambridge. * West, B. T., K. B. Welch, and A. T. Galecki. 2014. Linear Mixed Models. CRC Press, Boca Raton, FL. * Zuur, A., E. N. Ieno, N. Walker, A. A. Saveliev, and G. M. Smith. 2009. Mixed Effects Models and Extensions in Ecology with R. Springer Science & Business Media, New York. * Zuur, A. F., E. N. Ieno, and C. S. Elphick. 2009. A protocol for data exploration to avoid common statistical problems. Methods in Ecology and Evolution 1:3–14. * Zuur, A. F., and E. N. Ieno. 2016. A protocol for conducting and presenting results of regression-type analyses. Methods in Ecology and Evolution 7:636–645. Consultez aussi les ateliers en R sur les LMMs : * [[r_atelier6 | Modèles linéaires à effets mixtes en R]] Look at the QCBS LMM workshop in R: * [[r_workshop6 | Linear mixed models in R]] Financement de l'évènement | Sponsors: * [[http://www.qcbs.ca | Centre de la science de la biodiversité du Québec / Québec Centre for Biodiversity Science (CSBQ / QCBS)]] * [[http://www.gril-limnologie.ca | Groupe de recherche interuniversitaire en limnologie et en environnement aquatique (GRIL)]] * [[http://uqamgreca.weebly.com | Groupe de recherche en écologie comportementale et animale (GRECA)]]