# Chargez et affichez le jeu de données
dat.tf <- read.csv("Banta_TotalFruits.csv")
str(dat.tf)

# X         numéro d'observation
# reg       facteur pour l'une des trois régions; Pays-Bas, l'Espagne ou la Suède
# popu      facteur avec un niveau pour chaque population (effet aléatoire)
# gen       facteur avec un niveau pour chaque génotype (effet aléatoire)
# rack      facteur de nuisance pour l'un des deux racks placés dans la serre
# nutrient  facteur à deux niveaux précisant une faible (valeur = 1) ou haute (valeur = 8) concentration 
#           de nutriments (effet fixe)
# amd       facteur à deux niveaux précisant l'absence ou la présence d'herbivorie (lésions sur le méristème apical)
#           (effet fixe)
# status    facteur de nuisance pour la méthode de germination
# total.fruits  variable réponse; nombre entier indiquant le nombre de fruits par plante

# 2-3 génotypes imbriqués dans chacune des neuf populations
table(dat.tf$popu,dat.tf$gen)

# Entretien : changer nombres entiers en facteurs, rajuster les niveaux d'herbivorie (amd) et renommer les 
#             niveaux de nutriments
dat.tf <- transform(dat.tf,
                    X=factor(X),
                    gen=factor(gen),
                    rack=factor(rack),
                    amd=factor(amd,levels=c("unclipped","clipped")),
                    nutrient=factor(nutrient,label=c("Low","High")))

# Installer / charger les librairies
if(!require(lme4)){install.packages("lme4")}
require(lme4)
if(!require(coefplot2)){install.packages("coefplot2",repos="http://www.math.mcmaster.ca/bolker/R",type="source")}
require(coefplot2)     
if(!require(reshape)){install.packages("reshape")}
require(reshape) 
if(!require(ggplot2)){install.packages("ggplot2")}
require(ggplot2)
if(!require(plyr)){install.packages("plyr")}
require(plyr)
if(!require(gridExtra)){install.packages("gridExtra")}
require(gridExtra)
if(!require(emdbook)){install.packages("emdbook")}
require(emdbook)
source("glmm_funs.R")