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r_symposium_2019 [2019/07/25 13:07]
ph.pereirabraga
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ph.pereirabraga
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-Pour la 3ème année ​consecutive, l'​équipe d'​ateliers R du CSBQ organisera l'​**edition 2019 du Colloque R du CSBQ**. ​+Pour la 3ème année ​consécutive, l'​équipe d'​ateliers R du CSBQ organisera l'​**edition 2019 du Colloque R du CSBQ**. ​
  
 L'​objectif du Colloque R du CSBQ est de fournir un cadre structuré pour la discussion et l'​échange d'​idées entre des participants et des présentateurs d'​ateliers concernant l'​utilisation de R dans les analyses de la biodiversité. Pour cela, nous fournissons un lieu d’enseignement et de participation à une série d’ateliers R avancés qui ne sont pas couverts par la série annuelle d’ateliers R du CSBQ. L'​objectif du Colloque R du CSBQ est de fournir un cadre structuré pour la discussion et l'​échange d'​idées entre des participants et des présentateurs d'​ateliers concernant l'​utilisation de R dans les analyses de la biodiversité. Pour cela, nous fournissons un lieu d’enseignement et de participation à une série d’ateliers R avancés qui ne sont pas couverts par la série annuelle d’ateliers R du CSBQ.
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 For the 3rd consecutive year, the QCBS R Workshop cohort will hold the **2019 edition of the QCBS R Symposium**. ​ For the 3rd consecutive year, the QCBS R Workshop cohort will hold the **2019 edition of the QCBS R Symposium**. ​
  
-Le but du Colloque ​est de fournir un cadre structuré pour la discussion ​et l’échange d’idées entre les participants ​et les présentateurs d’ateliers en ce qui a trait à l’utilisation de R pour les analyses en science ​de la biodiversitéÀ cette finnous fournirons un lieu pour l’enseignement et la participation ​à une série d’ateliers avancés en qui ne sont pas offerts par la série d’ateliers annuelles en du CSBQ+The purpose of the QCBS Symposium is to provide a structured framework for the discussion ​and exchange of ideas between ​participants ​and presenter in the application of biodiversity ​science ​analyses using RFor thiswe provide a venue for teaching and participation ​in a series of advanced ​workshops that are not offered during the annual QCBS Workshop Series.
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-Nous travaillons afin de déterminer le coût d'​inscription au 3ème Colloque R du CSBQ. Au cours des dernières annéesnous avons pu trouver des fonds pour couvrir la plupart des coûts d’hébergement,​ de restauration et de transport (à partir de Montréal) pour les participants.+Les frais d'​inscription au **3ème Colloque R du CSBQ** est de: 
 +  * **25 $** pour les **membres du CSBQ**et;  
 +  * **150 $** pour les **//​non-membres//​ du CSBQ**. 
 + 
 +Ces frais couvrent les coûts d’hébergement,​ de restauration et de transport (à partir de Montréal) pour les participants.
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-We are working to determine the attendance ​cost for the 3rd QCBS R Symposium. During the last yearswe were able to find funding to cover most of the accommodation,​ food, and transportation ​(from Montréal) costs.+The attendance ​fee for the **3rd QCBS R Symposium** is: 
 +  * **25 $** for **QCBS members**and;  
 +  * **150 $** for **QCBS //​non-members//​**. 
 + 
 +This fee covers ​accommodation,​ food, and transportation from Montréal.
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-Les inscriptions pour le 3ème Colloque R du CSBQ ne sont pas encore ouvertes.+Les inscriptions pour le 3ème Colloque R du CSBQ sont **OUVERTES**\\ 
 + 
 +**[[https://​registration.qcbs.ca/​fr/​colloque-r-2019|INSCRIVEZ-VOUS MAINTENANT!]]** 
 </​WRAP>​ </​WRAP>​
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-Registration for the 3rd QCBS R Symposium is still not open.+Registration for the 3rd QCBS R Symposium is **OPEN**.\\ 
 + 
 +**[[https://​registration.qcbs.ca/​r-symposium-2019|REGISTER NOW!]]**
 </​WRAP>​ </​WRAP>​
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 +
 +==== Programmation préliminaire | Preliminary program ​ ====
 +<WRAP group>
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 +
 +=== 10 octobre ===
 +**18:45** - Départ de Montréal \\
 +**19:45** - Arrivée à //Maison Gault// \\
 +**20:00** - //Activité pour briser la glace// \\
 +\\
 +=== 11 octobre ===
 +**8:00** - //​Déjeuner//​ \\
 +**8:45** - Annonces \\
 +**9:00** - Atelier (1h 30min) \\
 +**10:30** - //Pause// \\
 +**11:00** - Atelier (1h 30min) \\
 +**12:30** - //Dîner// \\
 +**13:30** - Atelier (1h 30min) \\
 +**15:00** - //Pause// \\
 +**15:30** - Atelier (2h) \\
 +**18:00** - //Souper// \\
 +\\
 +=== 12 octobre ===
 +**8:00** - //​Déjeuner//​ \\
 +**9:00** - Atelier (2h) \\
 +**12:00** - //Dîner// \\
 +**13:30** - //Temps libre// \\
 +**15:30** - Retour à //​Montréal//​ \\
 +
 +</​WRAP>​
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 +=== October 10th ===
 +**18:45** - Depart from Montréal \\
 +**19:45** - Arrival at //Maison Gault// \\
 +**20:00** - //​Icebreaker & Social Event// \\
 +\\
 +=== October 11th ===
 +**8:00** - //​Breakfast//​ \\
 +**8:45** - Announcements \\
 +**9:00** - Workshop (1h 30min) \\
 +**10:30** - //Break// \\
 +**11:00** - Workshop (1h 30min) \\
 +**12:30** - //Lunch// \\
 +**13:30** - Workshop (1h 30min) \\
 +**15:00** - //Break// \\
 +**15:30** - Workshop (2h) \\
 +**18:00** - //Dinner// \\
 +\\
 +=== October 12th ===
 +**8:00** - //​Breakfast//​ \\
 +**9:00** - Workshop (2h) \\
 +**12:00** - //Lunch// \\
 +**13:30** - //Free time// \\
 +**15:30** - Return to //​Montréal//​ \\
 +
 +</​WRAP>​
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 +
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 +===== Registered Workshops | Ateliers Participants =====
 +<WRAP group>
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 +Le 3ème Colloque R du CSBQ réunira des étudiants à la maîtrise et au doctorat et des stagiaires postdoctoraux associés au CSBQ qui présenteront des concepts et l’application de méthodes pertinents pour les scientifiques travaillant dans plusieurs domaines liés à la recherche sur la biodiversité.
 +</​WRAP>​
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 +The 3rd QCBS R Symposium will have QCBS-associated graduate students and postdoctoral fellows presenting over the concepts and the application of methods addressing relevant questions and content for scientists working in biodiversity research.
 +</​WRAP>​
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 +=== Basics of effective and reproducible data visualization ===
 +//par// | //by// **Tania Maxwell** (Université Laval  | [[https://​twitter.com/​tania_maxwell7|{{https://​img.icons8.com/​android/​24/​000000/​twitter.png?​22x22}}]])
 +
 +
 +<WRAP group>
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 +En tant que scientifiques,​ nous sommes des écrivains et des artistes. Les images et les figures sont des outils excellents et indispensables permettant de partager des informations et communiquer nos résultats. Selon le public (revues, médias, présentations dans des colloques, affiches, etc.), il existe des façons différentes d'​illustrer au mieux ce que vous voulez raconter dans votre histoire. L’objectif de cet atelier est de fournir des règles de base pour la conception graphique, ainsi que des étapes pour la visualisation de données, le traitement d'​images et leur exportation. Il y aura également des étapes détaillées sur la façon de construire et de personnaliser vos figures à l’aide du package R ggplot2. La dernière partie de l'​atelier sera interactive et invitera les participants à partager leurs propres trucs et astuces.
 +</​WRAP>​
 +<WRAP half column 47%>
 +As scientists, we are writers and artists. Images and figures are excellent and indispensable to share information and communicate our results. Depending on the audience (journals, social media, conference presentations,​ posters, etc.), there are different ways to best illustrate what you want to tell in your story. This workshop is intended to provide basic rules for graphic design, along with steps for how to visualize data, process images and export them. There will also be detailed steps for how to build and personalize your figures using the R package ggplot2. The last part of the workshop will be interactive,​ inviting participants to share their own tips and tricks.
 +</​WRAP>​
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 +=== Touchdown your research! ===
 +//par// | //by// **Steve Vissault** (Université de Sherbrooke | [[https://​github.com/​SteveViss|{{https://​github.githubassets.com/​images/​modules/​logos_page/​GitHub-Mark.png?​25x25}}]] | [[https://​twitter.com/​SVissault|{{https://​img.icons8.com/​android/​24/​000000/​twitter.png?​22x22}}]]) & **Marie-Hélène Brice** (Université de Montréal | [[https://​github.com/​mhbrice|{{https://​github.githubassets.com/​images/​modules/​logos_page/​GitHub-Mark.png?​25x25}}]] | [[https://​twitter.com/​mariehbrice|{{https://​img.icons8.com/​android/​24/​000000/​twitter.png?​22x22}}]])
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 +Le processus de publication avec révision par les pairs est conçu par et pour les scientifiques. C'est également un canal de communication lent et fermé qui limite notre capacité à atteindre efficacement une large audience en dehors du monde universitaire. Rmarkdown peut nous aider à résoudre ce problème. Rmarkdown est l'​association de R et d'un langage à balisage léger appelé *markdown*. Au cours de cet atelier, nous allons apprendre à utiliser ce langage et à générer des documents HTML pouvant être convertis en blogs, cahiers, affiches et documentations. Nous apprendrons ensuite comment déployer ces documents HTML sur Github (gratuitement!) afin d'​exposer des idées, de nouvelles méthodes ou des compétences personnelles et ainsi d'​étendre votre //​Curriculum vitae// au web.
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 +Publication per peer-review process is made by and for scientists. It is also a slow and closed communication channel, limiting our ability to efficiently reach a broader audience within and outside academia. Here comes Rmarkdown! Rmarkdown is the association of R and a light markup language called *markdown*. Through this workshop, we will learn how to use Rmarkdown and to generate HTML documents that can be turned into blogs, notebooks, posters, documentations. We will then learn how to deploy those HTML documents on Github (free of charge!) in order to expose insightful ideas, new methods or personal skills and transform the web into your own extra //​Curriculum vitae//.
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 +=== Mining species-level biodiversity information from published literature ===
 +//par// | //by// **Gabriel Muñoz** (Concordia University | [[https://​github.com/​fgabriel1891|{{https://​github.githubassets.com/​images/​modules/​logos_page/​GitHub-Mark.png?​25x25}}]] | [[https://​twitter.com/​NasuaResearch|{{https://​img.icons8.com/​android/​24/​000000/​twitter.png?​22x22}}]])
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 +À cause de plusieurs siècles de recherche, de nombreuses informations sur la vie sur notre planète sont enregistrées dans la littérature publiée sur le Web. La plupart de cette littérature est maintenant accessible et se présente sous forme d'​articles,​ de thèses ou de rapports, stockés et partagés sous forme de fichiers PDF. Cependant, numériser individuellement et manuellement tout ce contenu pour séparer et extraire des données sur la biodiversité peut être une tâche ardue. Avec cet atelier, vous allez apprendre des outils informatiques et des moyens plus automatisés pour rechercher de l’information sur la biodiversité parmi la littérature publiée. Nous commencerons par examiner brièvement les différentes sources de documentation sur la biodiversité. Deuxièmement,​ nous explorerons les techniques programmatiques pour la recherche documentaire et la sélection de mots-clés. Troisièmement,​ nous allons apprendre à utiliser des outils spécifiques pour extraire des observations de la biodiversité à partir d’une collection d’articles en PDF. Enfin, nous allons réviser brièvement les agrégateurs globaux de données sur la biodiversité.
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 +Product of centuries of research, a vast amount of information about life on our planet is stored in the published literature on the web. Most of this literature is now accessible and comes as articles, theses, or reports, which are stored and shared as PDF files. However, manually scanning all this corpus to separate and extract species-level biodiversity data from individual works can be a daunting task. With this workshop, you will learn computational tools and more automated ways to search for biodiversity information of interest among the large corpus of literature. First, we will briefly review common and less-common sources of literature on biodiversity. Second, we will explore techniques of programmatic literature search and selection of keywords. Third, we will learn the use of specific tools to mine particular biodiversity observations from a collection of pdf articles. Finally, we will briefly review common global biodiversity data aggregators.
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 +=== Community Phylogenetics:​ linking community ecology and evolutionary biology to your programming skills ===
 +//par// | //by// **Pedro Henrique P. Braga** (Concordia University | [[https://​github.com/​pedrohbraga|{{https://​github.githubassets.com/​images/​modules/​logos_page/​GitHub-Mark.png?​25x25}}]] | [[https://​twitter.com/​pedrohp_braga|{{https://​img.icons8.com/​android/​24/​000000/​twitter.png?​22x22}}]]) & **Katherine Hébert** (Université de Sherbrooke | [[https://​github.com/​katherinehebert|{{https://​github.githubassets.com/​images/​modules/​logos_page/​GitHub-Mark.png?​25x25}}]] | [[https://​twitter.com/​hebert_kat|{{https://​img.icons8.com/​android/​24/​000000/​twitter.png?​22x22}}]])
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 +Comment les espèces s'​assemblent-elles dans les communautés ? Quels sont les mécanismes impliqués ? Ces questions ont fasciné des écologistes pendant des décennies! L'​assemblage d'​organismes dans les communautés écologiques dépendent de phénomènes historiques et écologiques. Il est donc nécessaire de relier et de tester des hypothèses évolutives et écologiques pour répondre à ces questions. En combinant les informations phylogénétiques avec la coexistence géographique des espèces, le champ de « phylogénie des communautés » est apparu afin de révéler les patrons et les processus menant à l’organisation et à la structure des communautés écologiques. Dans cet atelier, nous allons plonger dans les débats et les controverses entourant la structure des communautés et apprendre certaines des méthodes utilisées par la phylogénétique de la communauté pour détecter les patrons évolutives lors de l'​assemblage des communautés des espèces. ​
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 +//How do species assemble in communities?//​ //What are the involved mechanisms?//​ These questions have fascinated ecologists for decades. As the community assembly of organisms depends on historical and ecological phenomena, it is necessary to link evolutionary and ecological hypotheses testing to address these questions. By combining phylogenetic information and species geographical co-existence,​ ‘community phylogenetics’ emerged as field seeking to reveal patterns and processes driving the organization and structure of ecological communities. In this workshop, we will dive into the debates and controversies surrounding the community structure and learn some of the various approaches used by community phylogenetics to detect evolutionary patterns on community assembly.
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 +=== And, another workshop to come! ===
  
 ===== Call for Workshop Proposals | Appel à la proposition d'​ateliers ===== ===== Call for Workshop Proposals | Appel à la proposition d'​ateliers =====