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atelier_comm [2016/11/30 17:43]
pierrelegagneux
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qcbs [Sites web sites utilisés pour préparer cette formation]
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 [[http://​qcbs.ca/​fr/​|{{:​logo_text.png?​nolink&​500|}}]] [[http://​qcbs.ca/​fr/​|{{:​logo_text.png?​nolink&​500|}}]]
  
-Développé par : [[legagneuxt@gmail.com|Pierre Legagneux]],​ professionnel de recherche du CSBQ+Développé par : [[legagneuxt@gmail.com|Pierre Legagneux]],​ professionnel de recherche du CSBQ.  
 +Mise à jour par [[sebastien.renaut@gmail.com|Sébastien Renaut]] en Novembre 2017. 
 + 
 +Dernière mise à jour : 16 Novembre 2017 
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 +[[redaction_scientifique_CSBQ_fall_2017.pptx|Présentation PowerPoint - Novembre 2017]] 
  
-Dernière mise à jour : 29 Novembre 2016 
  
 ===== Atelier de communication scientifique ​ -- Communication écrite ===== ===== Atelier de communication scientifique ​ -- Communication écrite =====
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 ==== Résumé ==== ==== Résumé ====
-Vous avez terminé vos analyses, les résultats sont conformes (ou pas !) à vos hypothèses initiales et vous désirez publier vos résultats dans une revue scientifique ? Comment valoriser au mieux tout ce travail ? Cet atelier est orienté vers les jeunes chercheurs en début de carrière (principalement ​MsC et PhD) qui souhaitent améliorer leur capacité de rédaction de leur premier article scientifique. Différents aspects de la communication écrite seront abordés au cours de cet atelier:+Vous avez terminé vos analyses, les résultats sont conformes (ou pas !) à vos hypothèses initiales et vous désirez publier vos résultats dans une revue scientifique ? Comment valoriser au mieux tout ce travail ? Cet atelier est orienté vers les jeunes chercheurs en début de carrière (principalement ​MSc et PhD) qui souhaitent améliorer leur capacité de rédaction de leur premier article scientifique. Différents aspects de la communication écrite seront abordés au cours de cet atelier:
   * Éviter le syndrome de la page blanche   * Éviter le syndrome de la page blanche
   * Apprendre à préparer un bon brouillon – les étapes clefs   * Apprendre à préparer un bon brouillon – les étapes clefs
   * Comment faire travailler efficacement ses co-auteurs   * Comment faire travailler efficacement ses co-auteurs
   * Comment choisir la revue adéquate   * Comment choisir la revue adéquate
-  * Comprendre le processus de peer-review+  * Comprendre le processus de révision par les pairs
   * Comment publier vos résultats dans une bonne revue même lorsque N=1… ou comment toucher un auditoire plus large.   * Comment publier vos résultats dans une bonne revue même lorsque N=1… ou comment toucher un auditoire plus large.
   * Soumettre son premier papier: suivez les instructions !   * Soumettre son premier papier: suivez les instructions !
   * Travaux en groupes sur vos propres manuscrits (articles scientifiques ou devis de recherche)   * Travaux en groupes sur vos propres manuscrits (articles scientifiques ou devis de recherche)
- 
 En revanche, cette formation ne vous apprendra pas à En revanche, cette formation ne vous apprendra pas à
   * Lire   * Lire
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   * Devenir concis (quoi que...)   * Devenir concis (quoi que...)
  
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-====== Qu'​est-ce que la Science ​et pourquoi la publication scientifique est importante ======+====== Qu'​est-ce que la science ​et pourquoi la publication scientifique est importante ======
  
 Le processus scientifique est opposé à celui d'une recette de cuisine et une approche linéaire simpliste de la méthode scientifique. La démarche scientifique est avant tout non linéaire et repose sur de nombreuses boucles de rétroactions. ​ Le processus scientifique est opposé à celui d'une recette de cuisine et une approche linéaire simpliste de la méthode scientifique. La démarche scientifique est avant tout non linéaire et repose sur de nombreuses boucles de rétroactions. ​
 Le coeur de la démarche scientifique est de tester des idées. Ces idées proviennent d'​autres découvertes ou explorations,​ de nouvelles méthodes d'​analyses,​ d'​interactions avec la communauté scientifique et de ses usagers ainsi que de l'​application des découvertes. De plus, le fait de formuler et tester des hypothèses de travail contribue à générer de nouvelles idées à tester...  ​ Le coeur de la démarche scientifique est de tester des idées. Ces idées proviennent d'​autres découvertes ou explorations,​ de nouvelles méthodes d'​analyses,​ d'​interactions avec la communauté scientifique et de ses usagers ainsi que de l'​application des découvertes. De plus, le fait de formuler et tester des hypothèses de travail contribue à générer de nouvelles idées à tester...  ​
-Ce travail mérite ensuite d'​être ​publier ​et ce pour plusieurs raisons: +Ce travail mérite ensuite d'​être ​publié ​et ce pour plusieurs raisons: 
-  * Permet de transmettre ses découvertes à la communauté scientifique,​ faire progresser la discipline et ultimement bénéficier ​à la société ​par des applications concrètes de nouvelles découvertes+  * Permet de transmettre ses découvertes à la communauté scientifique,​ faire progresser la discipline et ultimement ​faire bénéficier la société ​d'applications concrètes de nouvelles découvertes
   * Permet une reproductibilité de son travail   * Permet une reproductibilité de son travail
   * Obtenir des fonds de recherches, obtenir des promotions ou des bourses   * Obtenir des fonds de recherches, obtenir des promotions ou des bourses
   * Des résultats non publiés, c'est comme si vous n'​aviez rien fait   * Des résultats non publiés, c'est comme si vous n'​aviez rien fait
-  * Le crédit va à celui qui l'​auteur de la publication+  * Le crédit va à l'​auteur de la publication
   * Un travail non revu par les pairs est souvent perçu comme un travail de moins bonne qualité   * Un travail non revu par les pairs est souvent perçu comme un travail de moins bonne qualité
   * Écrire son travail permet de mieux le comprendre   * Écrire son travail permet de mieux le comprendre
   * Écrire un manuscrit est la seule façon de se rappeler de ce qu'on a fait six mois plus tard   * Écrire un manuscrit est la seule façon de se rappeler de ce qu'on a fait six mois plus tard
-  * La qualité (souvent ​mesuré ​via l'​impact factor de la revue) affecte la vie de son laboratoire et de l'​unité de recherche+  * La qualité (souvent ​mesurée ​via l'​impact factor de la revue) affecte la vie de son laboratoire et de l'​unité de recherche
  
  
 ====== Rédiger le squelette d'un article ====== ====== Rédiger le squelette d'un article ======
  
-Il existe plusieurs formes d'​écrits révisés par les pairs: chapitre de livre, papiers méthodologiques/​techniques,​ article d'​opinion ou commentaire ou encore des critiques de livres. La formation portera sur l'​écriture d'un article standard décrivant des travaux de recherche originaux. +Il existe plusieurs formes d'​écrits révisés par les pairs: chapitre de livre, papiers méthodologiques/​techniques,​ article d'​opinion ou commentaire ou encore des critiques de livres.\\ 
-L'​ordre dans lequel on lit un papier et l'​ordre dans lequel ​on l'​écrit sont différents+La formation portera sur l'​écriture d'un article standard décrivant des travaux de recherche originaux. 
 +L'​ordre dans lequel on lit un papier et on l'​écrit sont différents
  
 |Processus experimental||Section du papier||Ordre Ideal||Ordre Actuel|| |Processus experimental||Section du papier||Ordre Ideal||Ordre Actuel||
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 ===== Syndrome de la page blanche ===== ===== Syndrome de la page blanche =====
-Pour éviter le syndrome de la page blanche, je vous suggère de commencer par lire, lire beaucoup et encore sur le sujet de votre recherche. Repérer le style et le ton de autour de votre sujet. Commencer par faire des fiches de lectures (résultats clefs) des articles que vous avez lus. Garder une liste à jour des références que vous lisez (utilisez un logiciel pour référencer votre bibliographie). Si vous bloquez à cause de la langue, écrivez dans votre langue maternelle dans un premier temps. Vous avez toujours avantage à dialoguer avec vos collègues ou étudiants, ça aide beaucoup pour formaliser ses idées et valider de la pertinence de sa recherche ou de son propos et de la logique. Posez vous la question: Quelle histoire je veux raconter ?+Pour éviter le syndrome de la page blanche, je vous suggère de commencer par lire, lire beaucoup et encore sur le sujet de votre recherche. Repérer le style et le ton autour de votre sujet. Commencer par faire des fiches de lectures (résultats clefs) des articles que vous avez lus. Garder une liste à jour des références que vous lisez (utilisez un logiciel pour référencer votre bibliographie). Si vous bloquez à cause de la langue, écrivez dans votre langue maternelle dans un premier temps. Vous avez toujours avantage à dialoguer avec vos collègues ou étudiants, ça aide beaucoup pour formaliser ses idées et valider de la pertinence de sa recherche ou de son propos et de la logique. Posez vous la question: Quelle histoire je veux raconter ?
 La démarche scientifique est une démarche créative au même titre que la démarche artistique mais les articles scientifiques sont très codifiés et il apparaît au départ assez difficile, voir déroutant de devoir formatter son esprit créatif à une forme plutôt stricte. C'est très différent d'une écriture de fiction par exemple ! L'​aspect très formel de l'​article scientifique permet en revanche de faciliter la lecture et permet au lecteur avisé d'​obtenir rapidement l'​information essentielle contenue dans un article. La démarche scientifique est une démarche créative au même titre que la démarche artistique mais les articles scientifiques sont très codifiés et il apparaît au départ assez difficile, voir déroutant de devoir formatter son esprit créatif à une forme plutôt stricte. C'est très différent d'une écriture de fiction par exemple ! L'​aspect très formel de l'​article scientifique permet en revanche de faciliter la lecture et permet au lecteur avisé d'​obtenir rapidement l'​information essentielle contenue dans un article.
 Vous pouvez commencer par rédiger une page (résumé) décrivant ce que vous essayez de communiquer et le faire lire pour valider l'​enchainement logique de vos idées. Vous pouvez commencer par rédiger une page (résumé) décrivant ce que vous essayez de communiquer et le faire lire pour valider l'​enchainement logique de vos idées.
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 2. Quel est mon modèle/​sujet ​ d'​étude ? \\  2. Quel est mon modèle/​sujet ​ d'​étude ? \\
 3. Quel est le protocole de ma recherche? \\  3. Quel est le protocole de ma recherche? \\
-4. Quelle procédure j'​ai ​suivie? \\+4. Quelle procédure j'​ai ​suivi? \\
   
 Résultats \\ Résultats \\
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 |5. Faire ressortir le résultat principal|| ​ (facile)|| |5. Faire ressortir le résultat principal|| ​ (facile)||
  
-Les points 3 et 4 doivent être retravailler ​afin de s'​assurer que les hypothèses sont bien posées et que les résultats obtenus permettent de tester l'​hypothèse de travail. Ne passez pas trop de temps sur la qualité graphique de la figure ou des tableaux de résultats à ce stade mais assurez-vous que vos co-auteurs comprennent ce que vous avez fait, cela évitera des discussions inutiles par la suite.+Les points 3 et 4 doivent être retravaillés ​afin de s'​assurer que les hypothèses sont bien posées et que les résultats obtenus permettent de tester l'​hypothèse de travail. Ne passez pas trop de temps sur la qualité graphique de la figure ou des tableaux de résultats à ce stade mais assurez-vous que vos co-auteurs comprennent ce que vous avez fait, cela évitera des discussions inutiles par la suite.
  
  
 ====== Les figures ====== ====== Les figures ======
-Les figures peuvent faire ou défaire un papier +Les figures peuvent faire ou défaire un papier.\\  
-Si vous lisez un papier rapidement, la chose la plus importante avec le titre et le résumé est la ou les figures +Si vous lisez un papier rapidement, la chose la plus importante avec le titre et le résumé est la ou les figures.\\  
-Les figures devraient parler d'elle même et n'ont pas besoin d'​être ​expliqué ​dans le texte. +Les figures devraient parler d'elles mêmes ​et n'ont pas besoin d'​être ​expliquées ​dans le texte. 
-Si vous n'​arrivez pas à produire une figure, c'est que l'​analyse des données ou la compréhension de vos résultats sont incomplets ​(idem pour une figure conceptuelle). +Si vous n'​arrivez pas à produire une figure, c'est que l'​analyse des données ou la compréhension de vos résultats sont incomplètes ​(idem pour une figure conceptuelle). 
-En regardant les figures, on devrait être en mesure de comprendre l'​histoire+En regardant les figures, on devrait être en mesure de comprendre l'​histoire.\\
 Ne faites pas une figure que vous pouvez emprunter à quelqu'​un d'​autre (avec sa permission) comme par exemple une belle carte du site d'​étude. Le travail en équipe, c'est aussi à cela qu'il sert. Ne faites pas une figure que vous pouvez emprunter à quelqu'​un d'​autre (avec sa permission) comme par exemple une belle carte du site d'​étude. Le travail en équipe, c'est aussi à cela qu'il sert.
-Vous allez devoir refaire vos figures de nombreuses fois alors idéalement ​garder ​vos données brutes dans le même dossier où vous produisez vos figures. Mieux, utilisez R ou un autre logiciel de programmation - ainsi votre script permettra de mettre à jour la figure en fonction du nouveau jeu de données.+Vous allez devoir refaire vos figures de nombreuses fois alors idéalement ​gardez ​vos données brutes dans le même dossier où vous produisez vos figures. Mieux, utilisez R ou un autre logiciel de programmation - ainsi votre script permettra de mettre à jour la figure en fonction du nouveau jeu de données.
 Sous Word, utilisez un tableau avec des lignes invisibles ou blanches et insérer votre figure à l'​intérieur,​ ça aide pour la mise en page. Sous Word, utilisez un tableau avec des lignes invisibles ou blanches et insérer votre figure à l'​intérieur,​ ça aide pour la mise en page.
-A l'​UQAR,​ Nicolas Casajus & Kevin Cazelles ​propose ​une formation sur la création de figures sous R, vous trouverez beaucoup d'​informations ici:  http://​nicolascasajus.fr/​doc/​graphonr.pdf +A l'​UQAR,​ Nicolas Casajus & Kevin Cazelles ​proposent ​une formation sur la création de figures sous R, vous trouverez beaucoup d'​informations ici:  http://​nicolascasajus.fr/​doc/​graphonr.pdf 
-Pour info, une formation a eu lieu les 21-22 Mai 2016 à la Réserve de Gault (Mont Saint Hilaire) - QCBS visual communication workshop+Pour info, une formation ​CSBQ a eu lieu les 21-22 Mai 2016 à la Réserve de Gault (Mont Saint Hilaire) - QCBS visual communication workshop
  
 {{:​figure_nico.png?​200|}} {{:​figure_nico.png?​200|}}
  
 Autre truc: si vous avez un jeu de données avec des variables multiples, débutez l'​exploration de vos données avec des figures descriptives. Je vous conseille vivement la lecture de Zuur et al. 2010 {{:​zuur_et_al_mee_2010.pdf|}} Autre truc: si vous avez un jeu de données avec des variables multiples, débutez l'​exploration de vos données avec des figures descriptives. Je vous conseille vivement la lecture de Zuur et al. 2010 {{:​zuur_et_al_mee_2010.pdf|}}
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 ====== L'​analyse de données ====== ====== L'​analyse de données ======
-Au stade du brouillon, vous devez avoir réalisé une analyse poussée de vos données. **MAIS** évitez de tomber dans le piège de trouver le meilleur modèle pour trouver le meilleur modèle. Avant de tester toutes les triples interactions avec 16 variables, (re)posez-vous ces questions:+Au stade du brouillon, vous devez avoir réalisé une analyse poussée de vos données. **MAIS** évitez de tomber dans le piège de vouloir ​trouver le meilleur modèle pour trouver le meilleur modèle. Avant de tester toutes les triples interactions avec 16 variables ​et un jeu de données de 30 échantillons, (re)posez-vous ces questions:
 "​Quelle histoire je veux raconter ?" "​Quelle histoire je veux raconter ?"
 "Quels sont mes questions de recherches ?" "Quels sont mes questions de recherches ?"
-"​Est-ce que cette analyse permet de répondre à mes questions ? même si j'ai changé (un peu) ma question de recherche ?"+"​Est-ce que cette analyse permet de répondre à mes questions ?" ​même si j'ai changé (un peu) ma question de recherche ?"
  
 ====== Faire travailler ses co-auteurs ====== ====== Faire travailler ses co-auteurs ======
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 Ne commencez pas à rédiger votre premier manuscrit avant que les résultats et analyses soient validés par votre superviseur. Si vos co-auteurs ou votre superviseur n'est pas familier avec vos méthodes (analyses statistiques poussées, design expérimental etc.), n'​hésitez pas à ajouter les informations nécessaires à leur compréhension. Ne commencez pas à rédiger votre premier manuscrit avant que les résultats et analyses soient validés par votre superviseur. Si vos co-auteurs ou votre superviseur n'est pas familier avec vos méthodes (analyses statistiques poussées, design expérimental etc.), n'​hésitez pas à ajouter les informations nécessaires à leur compréhension.
 Ajouter des notes ou commentaires à la fois pour vous et aussi pour indiquer, justifier les choix que vous avez pris dans vos analyses ou dans la suite logique de votre argumentation.\\ Ajouter des notes ou commentaires à la fois pour vous et aussi pour indiquer, justifier les choix que vous avez pris dans vos analyses ou dans la suite logique de votre argumentation.\\
-Vous avez besoin de feedback sur une section en particulier ? Indiquez le clairement. Vous souhaitez qu'un de vos co-auteur écrive une section plus pointue/​spécifique,​ idem dites le, soyez direct. Le travail d'​écriture,​ et la recherche au sens large se fait de plus en plus en équipe alors profitez d'​avoir pour un temps 2,3,4 ou plus cerveaux qui se penche ​sur vos travaux et faites en sorte de bien les utiliser !\\ +Vous avez besoin de feedback sur une section en particulier ? Indiquez le clairement. Vous souhaitez qu'un de vos co-auteur écrive une section plus pointue/​spécifique,​ idem dites le, soyez direct. Le travail d'​écriture,​ et la recherche au sens large se fait de plus en plus en équipe alors profitez d'​avoir pour un temps 2,3,4 ou plus cerveaux qui se penchent ​sur vos travaux et faites en sorte de bien les utiliser !\\ 
-Enfin, n'​hésitez pas à ajouter d'​autres graphiques descriptifs qui permettront à vos co-auteurs de comprendre l'​ensemble de votre démarche et de sélectionner les résultats importants ou de déterminer quels résultats devront être placer ​en annexe.+Enfin, n'​hésitez pas à ajouter d'​autres graphiques descriptifs qui permettront à vos co-auteurs de comprendre l'​ensemble de votre démarche et de sélectionner les résultats importants ou de déterminer quels résultats devront être placés ​en annexe.
  
 ====== Le premier jet ====== ====== Le premier jet ======
-A partir de votre brouillon, une fois vos analyses, figures etc. validés, vous pouvez débuter par écrire vos méthodes (plus facile). Ne passez pas trop de temps sur la qualité de l'​anglais à ce stade, vous allez recevoir de nombreuses corrections (encore, si si promis !) de vos superviseurs. Les premiers ​corrections que l'on reçoit sont toujours assez désagréables. Ne le prenez pas trop personnel, même si les commentaires sont durs, n'​oubliez pas que vous êtes étudiants, donc en formation, c'est normal et l'​écriture est de loin le travail le plus exigent de la recherche. ​ \\ +A partir de votre brouillon, une fois vos analyses, figures etc. validés, vous pouvez débuter par écrire vos méthodes (plus facile). Ne passez pas trop de temps sur la qualité de l'​anglais à ce stade, vous allez recevoir de nombreuses corrections (encore, si si promis !) de vos superviseurs. Les premières ​corrections que l'on reçoit sont toujours assez désagréables. Ne le prenez pas trop personnel, même si les commentaires sont durs, n'​oubliez pas que vous êtes étudiants, donc en formation, c'est normal et l'​écriture est de loin le travail le plus exigent de la recherche. ​ \\ 
-Renommer ​ou numéroter ​vos documents à chaque fois que vous y faites des changements (ajouter la date dans le nom du fichier par exemple). Aussi ne passer ​pas de la forme active à la forme passive dans un même paragraphe.+Renommez ​ou numérotez ​vos documents à chaque fois que vous y faites des changements (ajouter la date dans le nom du fichier par exemple). Aussi ne passez ​pas de la forme active à la forme passive dans un même paragraphe.
  
 ==== Syndrome de la page blanche (encore !) ==== ==== Syndrome de la page blanche (encore !) ====
-Ok, la page n'est plus vraiment blanche à ce stade mais rédiger de manière concise est un exercice exigent. Pour certains, c'est assez naturel, pour d'autre une vraie torture. Si jamais vous n'​arrivez à rien, vraiment à rien, il faut tout de même avancer. Un moyen pour se lancer est de trouver un article proche de son sujet et de reprendre la structure des phrases ​d'​un ​manuscrit mais attention le plagiat est proche ici (Habibzadeh & Winker 2009) alors mentionner le avec un commentaire d'où provient la phrase ou le paragraphe. Aussi, pour les non-english speaker, n'​hésitez pas à mélanger les langues. Le message ici est: peut importe comment vous écrivez, sortez vos idées. Plus elles seront logiques et clairs, plus l'​écriture sera facilité.+Ok, la page n'est plus vraiment blanche à ce stade mais rédiger de manière concise est un exercice exigent. Pour certains, c'est assez naturel, pour d'autres ​une vraie torture. Si jamais vous n'​arrivez à rien, vraiment à rien, il faut tout de même avancer. Un moyen pour se lancer est de trouver un article proche de son sujet et de reprendre la structure des phrases ​de ce manuscrit mais attention le plagiat est proche ici (Habibzadeh & Winker 2009) alors mentionnez ​avec un commentaire d'où provient la phrase ou le paragraphe. Aussi, pour les non-english speaker, n'​hésitez pas à mélanger les langues. Le message ici est: peut importe comment vous écrivez, sortez vos idées. Plus elles seront logiques et clairs, plus l'​écriture sera facilitée.
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-Enfin, il est très facile de procrastiner - bloquez vous des heures sans facebook !+Enfin, il est très facile de procrastiner - bloquez vous des heures sans facebook ​no Internet ​!
  
 ==== Matériels et Méthodes ==== ==== Matériels et Méthodes ====
-Les Matériels & Méthodes servent à évaluer votre travail et permettre la réplication de votre travail. Donnez le plus de détails possible. Si votre méthodologie a déjà été publié ​dans un autre papier, vous pouvez vous y référer mais il faut tout de même pouvoir comprendre l'​essentiel sans avoir à lire l'​autre papier.\\+Les Matériels & Méthodes servent à évaluer votre travail et permettre la réplication de votre travail. Donnez le plus de détails possible. Si votre méthodologie a déjà été publiée ​dans un autre papier, vous pouvez vous y référer mais il faut tout de même pouvoir comprendre l'​essentiel sans avoir à lire l'​autre papier.\\
 La voie passive est souvent préférée dans la section des Matériels & Méthodes (Martinez et al. 2005). ​ La voie passive est souvent préférée dans la section des Matériels & Méthodes (Martinez et al. 2005). ​
  
 ==== Résultats ==== ==== Résultats ====
-Vos résultats sont déjà quasiment ​écrit ​à ce stade (cf. squelette)! +Vos résultats sont déjà quasiment ​écrits ​à ce stade (cf. squelette)! 
-Il ne vous reste plus qu'à décrire vos résultats. +Il ne vous reste plus qu'à décrire vos résultats.\\ 
-Organisez vos résultats en sous-sections qui correspondent à l'​ordre de vos prédictions (section Introduction) pour faciliter la lecture. Ce commentaire vaut aussi pour l'​organisation des sous-sections vos méthodes. Chaque sous-section présentera des résultats différents (tables, figures, schemas, statistiques ou formules). +Organisez vos résultats en sous-sections qui correspondent à l'​ordre de vos prédictions (section Introduction) pour faciliter la lecture. Ce commentaire vaut aussi pour l'​organisation des sous-sections ​de vos méthodes. Chaque sous-section présentera des résultats différents (tables, figures, schemas, statistiques ou formules). 
-Soyez clair, concis et objectif ​lorsque vous décrivez vos résultats.+Soyez clairs, concis et objectifs ​lorsque vous décrivez vos résultats.
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 Les long tableaux ou les résultats additionnels peuvent être inclus dans du matériel supplémentaire. Les long tableaux ou les résultats additionnels peuvent être inclus dans du matériel supplémentaire.
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 ==== Introduction ==== ==== Introduction ====
 En général, on adopte une approche par entonnoir (du plus général au plus spécifique).\\ En général, on adopte une approche par entonnoir (du plus général au plus spécifique).\\
-  * Tout d'​abord,​ établissez un territoire de recherche.\\ +Tout d'​abord,​ établissez un territoire de recherche. 
-Démontrer ​que le domaine de recherche est important, central, intéressant et d'​actualité.\\ +  * Démontrez ​que le domaine de recherche est important, central, intéressant et d'​actualité. 
-Identifier ​les paradoxes s'il y a lieu.\\ +  * Identifiez ​les paradoxes s'il y a lieu.\\ 
-Introduire ​et amener ​une revue de littérature sur le sujet.\\ +  * Introduisez ​et amenez ​une revue de littérature sur le sujet. 
- Ensuite, trouver une niche\\ +Ensuite, trouver une niche 
-Indiquer ​les lacunes ou le manque d'​informations existant dans la littérature ​\\ +  * Indiquez ​les lacunes ou le manque d'​informations existant dans la littérature 
- Enfin, occuper la niche \\ +Enfin, occuper la niche 
-Décrire ​le propos de votre recherche\\ +  * Décrivez ​le propos de votre recherche 
-Définir ​vos questions et vos hypothèses\\ +  * Définissez ​vos questions et vos hypothèses 
-Détaillez vos prédictions\\ +  ​* ​Détaillez vos prédictions 
-Au besoin décrivez votre système d'​étude si nécessaire pour la compréhension des prédictions\\+  ​* ​Au besoin décrivez votre système d'​étude si nécessaire pour la compréhension des prédictions
  
 ==== Discussion ==== ==== Discussion ====
- +En général, on adopte une approche par entonnoir inversé (du plus spécifique au plus général) mais c'est moins systématique.\\ 
- +Tout d'​abord,​ les principales découvertes de l'​étude 
 +  * Énoncez les principales découvertes de l'​étude 
 +  * Expliquez le sens et l'​importance de ces découvertes 
 +  * Considérez des explications alternatives 
 +Ensuite, le contexte de la recherche 
 +  * Comparez vos résultats à d'​autres études publiées 
 +  * Expliquez en quoi votre étude est en accord avec les études précédentes et pourquoi vos résultats diffèrent 
 +  * Explicitez clairement les limites, prémisses et les faiblesses de votre étude 
 +Enfin, le chapitre de conclusion 
 +  * Résumez les réponses aux questions posées en introduction 
 +  * Indiquez la portée de vos résultats. 
 +  * Quelles implications/​applications amène votre étude  ​
  
 ==== Références ==== ==== Références ====
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 ==== Résumé ==== ==== Résumé ====
 Commencez par prendre des phrases clefs dans chaque section de votre manuscrit. Commencez par prendre des phrases clefs dans chaque section de votre manuscrit.
-Un résumé est en général inférieur à 350 mots et doivent ​être intelligible ​en dehors de l'​article par des non-spécialistes, c'est un exercice de vulgarisation. Un résumé se décline en plusieurs points:\\+Un résumé est en général inférieur à 350 mots et doit être compris ​en dehors de l'​article par des non-spécialistes. C'est un exercice de vulgarisation. Un résumé se décline en plusieurs points:\\
 1. Décrire la question conceptuel ou le débat scientifique où se place l'​étude\\ 1. Décrire la question conceptuel ou le débat scientifique où se place l'​étude\\
 2. Décrire le système d'​étude et la question spécifique\\ 2. Décrire le système d'​étude et la question spécifique\\
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 Chaque journal a son domaine de spécialisation et l'​auditoire varie pour chaque domaine de recherche. Le choix du journal va dépendre de la portée plus ou moins large de notre étude. Vous devez vous poser la question: "​Est-ce que mon étude peut intéresser un journal généraliste ou plus spécialisé ?" C'est pas toujours évident, votre superviseur sera votre meilleur allié. \\ Chaque journal a son domaine de spécialisation et l'​auditoire varie pour chaque domaine de recherche. Le choix du journal va dépendre de la portée plus ou moins large de notre étude. Vous devez vous poser la question: "​Est-ce que mon étude peut intéresser un journal généraliste ou plus spécialisé ?" C'est pas toujours évident, votre superviseur sera votre meilleur allié. \\
-Sélectionnez 2 à 3 journaux et discutez avec vos co-auteurs d'une stratégie (en cascade selon l'​impact factor des revues ?). Ensuite formatez votre manuscrit selon les indications de la revue, même si cela est une perte de temps (Brischoux & Legagneux 2009). +Sélectionnez 2 à 3 journaux et discutez avec vos co-auteurs d'une stratégie (en cascade selon l'​impact factor des revues ?). Ensuite formatez votre manuscrit selon les indications de la revue, même si cela est une perte de temps (Brischoux & Legagneux 2009).\\ 
-Pour des revues short and sexy du style Nature, Science, PNAS, TREE, Biology letters, etc. l'​écriture n'est pas tout a fait identique et certains ajustements (et donc du temps) sont à considérer. +Pour des revues short and sexy du style Nature, Science, PNAS, TREE, Biology letters, etc. l'​écriture n'est pas tout a fait identique et certains ajustements (et donc du temps) sont à considérer. ​Ils ne seront pas abordés ici.\\ 
-Avant de soumettre relisez le manuscrit ou faites le relire. Regardez avec attention les figures et les légendes. Est-ce que les figures/​tableaux sont bien référencées ​dans le texte (pas d'​inversion de nombre).\\+Avant de soumettre relisez le manuscrit ou faites le relire. Regardez avec attention les figures et les légendes. Est-ce que les figures/​tableaux sont bien référencés ​dans le texte (pas d'​inversion de nombre).\\
 Vous avez tout intérêt à ce stade à faire relire votre manuscrit par un externe. Cela peut être un collègue de votre superviseur,​ ou une personne que vous connaissez ou encore un étudiant. Vous avez tout à gagner d'​échanger vos manuscrits entre étudiants. Vous apprendrez de nouvelles choses et vous aiguiserez votre sens critique, voir votre autocritique ce qui vous fera gagner du temps par la suite. Vous avez tout intérêt à ce stade à faire relire votre manuscrit par un externe. Cela peut être un collègue de votre superviseur,​ ou une personne que vous connaissez ou encore un étudiant. Vous avez tout à gagner d'​échanger vos manuscrits entre étudiants. Vous apprendrez de nouvelles choses et vous aiguiserez votre sens critique, voir votre autocritique ce qui vous fera gagner du temps par la suite.
 Faites relire le papier par un native english speaker.\\ Faites relire le papier par un native english speaker.\\
-Assurez-vous que tous vos co-auteurs ont bien lu et validé ​la version finale du papier. Aussi, demandez-leur une liste d'​arbitres potentiels, la revue vous demandera ces informations lors de la soumission. +Assurez-vous que tous vos co-auteurs ont bien lus et validés ​la version finale du papier. Aussi, demandez-leur une liste d'​arbitres potentiels, la revue vous demandera ces informations lors de la soumission. 
-D'​ailleurs, ​commencer ​par faire une soumission sur le serveur de la revue afin d'​avoir en main toutes les informations qui vous serons demandées.+D'​ailleurs, ​commencez ​par faire une soumission sur le serveur de la revue afin d'​avoir en main toutes les informations qui vous serons demandées.
  
 ==== Cover letter ==== ==== Cover letter ====
-La lettre d'​accompagnement ou cover letter doit être adressée à l'​éditeur et consiste ​à un paragraphe mettant en lumière l'​importance de votre travail. Ne négligez pas la cover letter, c'est **TRES IMPORTANT** car elle va déterminer si l'​éditeur décide d'​envoyer votre manuscrit pour arbitrage ou non et cette décision est directement liée à la qualité de votre lettre (et de votre manuscrit, évidemment).\\+La lettre d'​accompagnement ou cover letter doit être adressée à l'​éditeur et consiste ​en un paragraphe mettant en lumière l'​importance de votre travail. Ne négligez pas la cover letter, c'est **TRES IMPORTANT** car elle va déterminer si l'​éditeur décide d'​envoyer votre manuscrit pour arbitrage ou non et cette décision est directement liée à la qualité de votre lettre (et de votre manuscrit, évidemment).\\
 Voici la structure de la lettre:\\ Voici la structure de la lettre:\\
 Une introduction énonçant le titre du manuscrit et le journal dans lequel vous souhaitez le soumettre.\\ Une introduction énonçant le titre du manuscrit et le journal dans lequel vous souhaitez le soumettre.\\
Line 207: Line 220:
 La question de recherche que vous abordez.\\ La question de recherche que vous abordez.\\
 Les résultats majeurs que vous avez trouvez et en quoi ils éclairent une spécialité,​ un domaine ou une discipline ou bien permettent de résoudre ou éclairer un débat scientifique.\\ Les résultats majeurs que vous avez trouvez et en quoi ils éclairent une spécialité,​ un domaine ou une discipline ou bien permettent de résoudre ou éclairer un débat scientifique.\\
-Un énoncé disant que le manuscrit a été relu par tous les co-auteurs et qu'​ils ​approuve ​la soumission.\\+Un énoncé disant que le manuscrit a été relu par tous les co-auteurs et qu'​ils ​approuvent ​la soumission.\\
 Tout autre détail qui pourrait encourager l'​éditeur à envoyer votre manuscrit pour arbitrage Tout autre détail qui pourrait encourager l'​éditeur à envoyer votre manuscrit pour arbitrage
 \\ \\
 Voilà, vous pouvez soumettre en ligne (cela prend en général 1-2 heures) Voilà, vous pouvez soumettre en ligne (cela prend en général 1-2 heures)
  
-==== Comprendre le processus de peer-review ​====+==== Comprendre le processus de révision par les pairs ====
 Votre manuscrit va être revu par 2-3 arbitres et cela prend en général 2-3 mois... soyez patients mais dites vous que ce sont des chercheurs, professeurs,​ étudiants qui le fond "​bénévolement"​ en plus de leur travail. Votre manuscrit va être revu par 2-3 arbitres et cela prend en général 2-3 mois... soyez patients mais dites vous que ce sont des chercheurs, professeurs,​ étudiants qui le fond "​bénévolement"​ en plus de leur travail.
  
Line 220: Line 233:
 Les méthodes et les analyses utilisées sont-elles appropriées pour répondre à la question de recherche ?\\ Les méthodes et les analyses utilisées sont-elles appropriées pour répondre à la question de recherche ?\\
 L'​étude est-elle novatrice et/ou originale ?\\ L'​étude est-elle novatrice et/ou originale ?\\
-L'​étude remet-elle en cause des paradigms ​existants ou apporte une plus grande connaissance ?\\+L'​étude remet-elle en cause des paradigmes ​existants ou apporte une plus grande connaissance ?\\
 L'​étude développe-t-elle de nouveaux concepts\\ L'​étude développe-t-elle de nouveaux concepts\\
 Les méthodes sont-elles décrites clairement pour pouvoir répliquer l'​étude ?\\ Les méthodes sont-elles décrites clairement pour pouvoir répliquer l'​étude ?\\
 Les méthodes d'​analyses statistiques sont-elles appropriées et soutiennent-elles les résultats ?\\ Les méthodes d'​analyses statistiques sont-elles appropriées et soutiennent-elles les résultats ?\\
 La présentation des résultats améliore-t-elle la compréhension ?\\ La présentation des résultats améliore-t-elle la compréhension ?\\
-Est-ce que l'​étude respecte les considérations ​éthique ​dans le domaine ?\\+Est-ce que l'​étude respecte les considérations ​éthiques ​dans le domaine ?\\
 Les conclusions sont-elles appropriées?​ \\ Les conclusions sont-elles appropriées?​ \\
  
Line 243: Line 256:
 ====== Comment rendre un manuscrit intéressant pour un large auditoire ? ====== ​ ====== Comment rendre un manuscrit intéressant pour un large auditoire ? ====== ​
 Cette section est plus difficile à écrire (alors venez assister à la formation!) et dépend vraiment du sujet mais il est parfois possible de mettre en perspective un résultat qui pris isolement paraitra anecdotique. \\Autrement dit un même résultat pourra être publié comme une note dans une revue technique ou dans une revue avec un fort impact. Cela dépend comment on raconte notre histoire et comment on développe une question de recherche. Vous aurez souvent plus d'​impact si vous mettez votre résultat dans une perspective plus large ou évolutive (mais encore une fois, ça dépend vraiment du domaine). ​ \\ Cette section est plus difficile à écrire (alors venez assister à la formation!) et dépend vraiment du sujet mais il est parfois possible de mettre en perspective un résultat qui pris isolement paraitra anecdotique. \\Autrement dit un même résultat pourra être publié comme une note dans une revue technique ou dans une revue avec un fort impact. Cela dépend comment on raconte notre histoire et comment on développe une question de recherche. Vous aurez souvent plus d'​impact si vous mettez votre résultat dans une perspective plus large ou évolutive (mais encore une fois, ça dépend vraiment du domaine). ​ \\
-Vous pouvez utiliser des données additionnelles issues de la littérature pour atteindre un objectif plus large. Vous n'​êtes pas obliger ​de vous limiter à votre propre jeu de donnée ​ou à un champ disciplinaire très spécialisé. Pour cela, je n'ai qu'une recette: lire beaucoup (de science) en dehors de votre domaine. Une grande culture scientifique vous aidera à faire des liens originaux et à trouver une perspective plus global à vos questions de recherche. \\+Vous pouvez utiliser des données additionnelles issues de la littérature pour atteindre un objectif plus large. Vous n'​êtes pas obligés ​de vous limiter à votre propre jeu de données ​ou à un champ disciplinaire très spécialisé. Pour cela, je n'ai qu'une recette: lire beaucoup (de science) en dehors de votre domaine. Une grande culture scientifique vous aidera à faire des liens originaux et à trouver une perspective plus global à vos questions de recherche. \\
 Je vous donne 2 exemples (l'​histoire des tricots rayés et l'​histoire des mouches noires) dans cette formation. Je vous donne 2 exemples (l'​histoire des tricots rayés et l'​histoire des mouches noires) dans cette formation.
  
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 ====== Sites web sites utilisés pour préparer cette formation ====== ​ ====== Sites web sites utilisés pour préparer cette formation ====== ​
 +[[https://​www.nature.com/​articles/​d41586-018-02404-4?​utm_source=briefing-wk&​amp;​utm_medium=email&​amp;​utm_campaign=20180302&​spMailingID=56106485&​spUserID=MjcwNjIyMjc3MTI3S0&​spJobID=1360321856&​spReportId=MTM2MDMyMTg1NgS2|How to write a first class paper]]\\
 http://​www3.nd.edu/​~pkamat/​pdf/​researchpaper.pdf\\ ​ http://​www3.nd.edu/​~pkamat/​pdf/​researchpaper.pdf\\ ​
 http://​undsci.berkeley.edu/​article/​0_0_0/​howscienceworks_02\\ ​ http://​undsci.berkeley.edu/​article/​0_0_0/​howscienceworks_02\\ ​